En mayo de 1940 la invasión de Francia va a dispersar a los consejeros del GV quedando sólo en territorio francés Eliodoro de la Torre y J. M.ª de Leizaola. Y no sólo se dispersa sino que experimenta una nueva baja, la del socialista Juan Gracia que, tras huir de París por carretera, tiene que volver a esta capital, enfermo, y muere el 6 de abril de 1941. Los últimos vascos que quedan en Francia huyen, se esconden o van a trabajar al arsenal de Lanamezan -el caso de Ordoqui- a fin de ayudar al ejército francés, teniendo que esconderse otra vez con la firma del armisticio. Al entrar los alemanes en París, la policía de la embajada de España, protegida por la Gestapo, ocupa la sede del GV (11 Av. Marceau), así como la sede de "Finances et Entreprises SA" (Pierre I de Serbie). Las puertas son selladas con los anagramas de ambas policías. Los funcionarios Pedro Urtaca, Francisco Fernández y Pedro Macías se apoderan, en nombre de la embajada, de los archivos de ambas sedes lo cual traerá como consecuencia la caída de la red de información de la Resistencia Vasca en el interior y el fusilamiento posterior de su jefe, el alavés Luis de Alava. Debido a este descalabro generalizado, Manuel de Irujo constituye el 11 de julio de 1940 un Consejo Nacional de Euzkadi del que forman parte él como Presidente (por ser Jefe del Grupo Parlamentario Vasco), R. M.ª de Aldasoro, como Vicepresidente (por hallarse en tierra libre), todos los delegados del GV y otros miembros tales como Cunchillos, Archanco, Olazábat, etc. Este Consejo firmará un acuerdo con el Consejo de Defensa del Imperio Francés (De Gaulle) (17 de mayo de 1941) por el que ofrece ayuda a los aliados a cambio de protección a los vascos exiliados. La ayuda vasca se concretizará en colaboración con las redes de información y en la formación de una unidad militar vasca dentro de las Fuerzas Francesas Libres (Tercer Batallón de Infantería de Marina o "Batallón Vasco") que, por causas diplomáticas, será disuelto en 1942. Mientras, los bienes del GV corren serio peligro. El 30 de enero de 1940 una ley del Gobierno franquista había declarado propiedad del Estado español todos los bienes republicanos. Con la ocupación alemana se va a dar curso legal a lo que sólo es una vía de hecho. Ante esta amenaza, el único accionista de Finances et Entreprises SA que permanece en Francia -M. Fossorier-, temiendo no poder garantizar los intereses vascos, pide al Presidente del Tribunal de Comercio del Sena que nombre un administrador judicial, cosa a la que éste accede el 28 de enero de 1941. El 9 de junio la Embajada de España solicita y obtiene del Tribunal Civil del Sena el secuestro de todos los bienes de Finances et Entreprises SA, es decir del GV. Mientras, en América, Aguirre, Nárdiz, Aznar y Aldasoro reconstruyen el GV (27 de agosto) con lo que, a comienzos de 1942, el Consejo Nacional Vasco de Londres se disuelve. Aznar se opone firmemente a la pretensión de Prieto y del Comité Ejecutivo del PSOE reunido en Méjico de disolver el GV, siendo luego avalada su postura por el Comité Central clandestino del interior. Todos, sin embargo, dimiten por obediencia a su partido. El 21 de julio de 1943 el Tribunal Civil del Sena accede a los requerimientos franquistas y, dado el hecho de que los documentos acreditativos de Finances et Entreprises SA habían desaparecido con la llegada de alemanes y españoles, inscribe los bienes de ésta en el Registro de la Propiedad a nombre del Gobierno español. El GV queda desposeído de sus bienes.