El Gobierno Vasco va a verse enfrentado a dos problemas acuciantes: abastecer su territorio en el que se hallan, además de sus habitantes, miles de refugiados de las zonas limítrofes, y ganar la guerra para lo cual dispone de escasos oficiales profesionales y ninguna aviación.
Problemas de abastecimiento. Ramón M.ª de Aldasoro, Consejero de comercio y abastecimiento, hace un balance de la gestión del Gobierno Vasco en este campo ("Galeuzka", n.° 3, octubre 1945, pp. 122-124): "Desde que comenzó la guerra civil se advirtió la gravedad del problema del abastecimiento en nuestra zona. Ya el mes de agosto fue racionado el pan e inmediatamente se creó un riguroso sistema de racionamiento de todos los artículos de primera necesidad, manteniéndose los precios anteriores al 18 de julio de 1936. Se realizó un censo de toda la población permanente y transitoria, a través de los Ayuntamientos, haciendo constar la condición de pudiente o de refugiado y señalando el almacén donde deseaban abastecerse los primeros y el lugar en el que debieran comer gratuitamente los segundos. Para impedir las caóticas situaciones que se produjeron en el resto de la Península, fue respetada la organización comercial existente antes de la guerra y el Gobierno se incautó de todos los artículos de primera necesidad y se encargó de su importación. Para ello destacó a elementos comerciales competentes a los puertos del Mediterráneo, creándose las primeras delegaciones del Gobierno de Euzkadi en Barcelona, Valencia y Alicante, y otras delegaciones de compras y embarques, situadas en Bayona, Burdeos, París y Amberes. Gracias a esta colaboración y a la valerosa y disciplinada conducta de los marinos vascos, casi los únicos de la Península, que salían a navegar al servicio de la República, corriendo los mayores riesgos, mientras los demás marinos permanecían discutiendo cuestiones sociales en los sindicatos de tierra, se consiguieron cuantiosos abastecimientos, que permitieron la subsistencia de los vascos que luchaban defendiendo a la República en las condiciones señaladas y prestar ayudas substanciales a Santander y Asturias, que adeudaban el importe de más de cien millones de pesetas en abastecimientos de boca y guerra al Gobierno vasco, cuando terminó la campaña del Norte. Además, la organización distributiva indicada permitió que continuaran funcionando normalmente las casas importadoras y el pequeño comercio ya que el Gobierno distribuía los abastecimientos depositándolos en los grandes almacenes quienes a su vez los entregaban a los minoristas y éstos a los consumidores que los habían elegido. De esta manera, tomando como precio para el consumidor el que regía el día 18 de julio de 1936, el Gobierno abonaba al almacenista y al minorista un porcentaje razonable, que les permitiera el mantenimiento de su organización y personal; el consumidor, el día señalado para el racionamiento, retiraba ordenadamente su cuota alimenticia, en el almacén por él elegido y pagando el precio de tasa señalado por el Gobierno. Los quebrantos que tuvo que sufragar el Gobierno vasco por este sistema de abastecimiento, compensaron con creces a las perturbaciones de todas clases y a la inflación que se produjo, donde no pudo ser ensayado con eficacia este ordenamiento. Cuando entraron las tropas de Franco en Bilbao, a pesar del desenfreno pasional con el que se difamó al Gobierno vasco, reconocieron públicamente que la buena tradición administrativa del país nos había permitido organizar un sistema de abastecimiento perfecto. A pesar de todo, muchas privaciones debió imponerse la población civil; pero el desproporcionado ejército que se improvisó en todo momento recibió la siguiente cuota alimenticia (por día y soldado):
Tampoco les faltó su almuerzo ni comida diariamente, a los ochenta mil refugiados a los que se alimentaba a través de las organizaciones de Asistencia Social con los comedores habilitados en escuelas, sociedades, frontones y otras dependencias y en los primeros turnos de todos los hoteles, restaurantes y casas de pensión, que abrían sus puertas a la clientela habitual después de haber cumplido los deberes señalados, con quienes se encontraban en situación menesterosa".
El Gobierno Vasco asume la dirección de la guerra. El 15 de octubre el GV celebra una reunión con el Estado Mayor militar a efectos de coordinar todo el esfuerzo bélico. Al día siguiente, un decreto del Departamento de Defensa ordena la movilización de los alistamientos de 1932, 1933, 1934 y 1935, otro establece un uniforme para todas las milicias populares, un tercero demarca las zonas de guerra y un cuarto militariza la industria y el trabajo de utilidad militar. El decreto del 25 de octubre militariza a todas las milicias voluntarias introduciéndolas en el Ejército Operacional Vasco y colocándolas bajo su mando. El 30 de octubre de 1936 el Gobierno militariza todos los hospitales de su territorio y a todo el personal sanitario colocándolo bajo la Jefatura Superior de Sanidad y control del Departamento de Defensa. El 3 de noviembre de 1936 el Gobierno amplia sus facultades de forma considerable mediante un decreto de Presidencia por el que establece normas excepcionales de defensa de los "altos intereses confiados a este Gobierno". La Academia Militar de Euzkadi surge como consecuencia lógica de la necesidad de crear cuadros superiores en el ejército. Esta concentración de poder -el ejército del Norte comprende Asturias y Santander-, reiteradamente criticada entonces y en años posteriores, permitiría al Gobierno Vasco controlar a todas sus fuerzas operacionales pero crea una situación de constante tensión con el Gobierno Central que intenta fiscalizar la acción autonómica mediante comisarios políticos, mandos militares, etc. El abandono de Bilbao por la República surge de estas reticencias.
Justicia. Las primeras medidas importantes del GV en materia de justicia tienden a humanizar la guerra y a evitar las vejaciones y ejecuciones descontroladas. El 10 de octubre mismo decreta la libertad de todas las mujeres detenidas por causas políticas o con motivo de la guerra en el territorio vasco afecto a la legalidad republicana. Dos semanas más tarde efectúa una serie de reajustes tendentes a asegurar el normal funcionamiento del Tribunal Popular de Vizcaya.
Escudo y bandera. El 19 de octubre un decreto de Presidencia oficializa la bandera bicrucífera (ikurriña) y un escudo en el que, "previéndose en el Estatuto la incorporación a este territorio de Navarra", figuran las armas de los cuatro territorios históricos vascos de administración española. Aguirre, en el discurso sobre los 20 años de gestión del Gobierno Vasco, pronunciado en el Congreso Mundial Vasco de 1956, afirma que "asimismo, se acordó el himno "Euzko Abendaren Ereserkia" que desde entonces fue ejecutado en los actos oficiales" pero dicho acuerdo no consta en el Diario Oficial del País Vasco. Otra referencia oral la hallamos en Santiago Aznar: "Así como yo propuse la bandera, Juan Astigarrabía del Partido Comunista propuso el himno, que también fue aceptado por unanimidad" (Berriak n ° 4, 1976, p. 39).