En el siglo XVI el Ayuntamiento elige anualmente a cuatro vecinos, uno por cada parroquia, entre los tres candidatos presentados por cada una de éstas; a un regidor superintendente anual; y a un vinculero sin límite de tiempo. La Junta, formalmente establecida en 1665, la componen dos regidores superintendentes anuales elegidos por la Corporación y tres gobernadores bianuales elegidos por el Virrey entre los cinco candidatos presentados por el Ayuntamiento. Los gobernadores -propietarios de tierras y comerciantes- son reelegidos en no pocas ocasiones, cargo éste incompatible con los cargos concejiles. El vinculero y el tesorero (cargos separados en 1772) no pertenecen a la Junta, por no poseer aquellos carácter resolutivo sino tan sólo ejecutivo y administrativo.
El secretario de la Junta es el propio del Ayuntamiento. La función de la Junta es aliviar a la Corporación del considerable trabajo y responsabilidad exigida por el Vínculo y estar en permanente dependencia respecto a la Corporación. Sus facultades son consultivas, ejecutivas y, a diferencia de las restantes juntas auxiliares municipales, comparte el voto decisorio con el Ayuntamiento, por lo cual, los acuerdos del Vínculo deben ser aprobados por la Junta y después por la Corporación. En caso de conflicto entre ambas partes pueden recurrir al juez conservador, y apelar las sentencias de éste ante el Consejo Real. En varias ocasiones durante el siglo XVIII, se recurrió ante ambas jurisdicciones para interpretar el privilegio fundacional de 1527 (en 1738, 1788 y 1793), con ocasión de los precios del pan (1750, 1758 y 1793), y por otros motivos (1711, 1781); sus decretos favorecieron a una u otra parte según el caso.