Su gobierno comenzó rodeado de una especie de tutoría formada por varios personajes. Entre ellos se encontraba la reina abuela doña Urraca, hija del conde de Castilla Fernán González, y la reina madre Jimena Fernández de León, hija de Fernando Vermúdez de Cea y Elvira Díaz de Saldaña. Ambas mujeres harían las veces de regentes durante la minoría de edad de Sancho. Por otro lado, otros personajes cercanos al rey y que aparecen como tutores eran los obispos de Aragón, de Nájera y de Pamplona, llamados respectivamente Belasco, García y Jimeno, y otras personas de la corte como el boteller y el mayordomo de la reina.
El año 1006 Abd al-Malik, hijo de Almanzor, dirigió una expedición contra el reino de Pamplona, concretamente hacia Ribagorza, e invadió Sobrarbe. Sin embargo, de las campañas que realizó durante los años de su gobierno, nunca tuvo al reino de Pamplona como objetivo directo. Este mismo año los leoneses luchaban contra Abd al-Malik y tanto leoneses como pamploneses fueron derrotados en la batalla de Clunia. Mientras tanto, las avanzadas del ejército de Pamplona conquistaron algunas tierras situadas a orillas del Gállego, hacia el Ebro, apoderándose de la Bardena.
El año 1008 fallece Abd al-Malik. Le sucedió en el gobierno su hermano Abd al-Rahmán, hijo de Almanzor con una hija de Sancho Abarca, la cual tomó el nombre de Abda al convertirse al Islam. Abd al-Rahmán, que era llamado "Sanchuelo" por su abuelo, hizo las veces de regente del califa Hisham II, hijo de Al-Hakam con Subh, una concubina supuestamente de origen vascón. Sanchuelo murió al poco tiempo asesinado y en el califato se abrió un periodo convulso, políticamente inestable. Esta situación dará lugar a la división de los territorios musulmanes en pequeños estados que, con el fin de mantener su autonomía respecto a otros estados cristianos y también musulmanes, se convirtieron en entes dependientes de la ayuda militar de los reyes cristianos, ayuda por la que efectuaban el pago de tributos o parias.