En Peru Abarca hay referencias a los orígenes míticos del euskara, base de la antigüedad y supuesta perfección. Se afirma que es uno de los idiomas salidos de la confusión de Babel, traído por Tubal a España (1881, p. 186), en lo que Moguel sigue la tradición que viene desde Garibay. Que, asimismo, tiene indicios de ser muy antiguo, lo cual intenta probar por medio del análisis pseudoetimológico de los nombres de los animales, nombres que supuestamente definen sus propiedades, y que en esto el euskera se parece al lenguaje infundido por Dios a Adan en el paraíso.
Sin embargo, para Moguel el euskera, conservado en su antiguedad, no era solamente la prueba más importante para defender los derechos históricos, sino que es la lengua de la patria (en el sentido de 'lugar donde se nace'). Por eso critica a los que hacen alarde de fuerismo pero no son euskalzales: "¿En qué otro territorio del mundo se verá que ignoren la lengua patria los que debían erigir academias de ella, y que deban tomar lecciones de elocuencia natural, y locuciones delicadas de un salvaje educado en los bosques?" (Pról., 1881, p. 4).
Moguel parece ser, además, el primero en establecer esta prioridad de la lengua sobre el fuero, de lo cultural sobre lo estrictamente político (Mitxelena: 1978-79: 206). Las palabras finales de la obra denuncian a los fueristas que no aman el vascuence. Para Moguel, el buen o mal uso de la lengua es lo que distingue al buen o mal vasco, a juzgar por los calificativo empleados por los dos eclesiásticos vascófilos (1881, p. 196, 197, 201).
Peru Abarca refleja y compendia el pensamiento del autor, de evidente signo tradicionalista. Defiende el sistema económico, social y político, y el modo de vida y valores de la sociedad tradicional vasca, de modo expreso. La defensa del sistema y modo de vida tradicional se hace, por ejemplo, mediante la alabanza de la agricultura, la defensa del sistema de derecho foral, o la alabanza de las costumbres de los baserritarras y de las virtudes pretendidamente reflejadas en ellas (sencillez en el modo de vida, en el vestir, en las comidas etc., censura de las nuevas modas, igualdad en el trato social), alabanza de la educación tradicional basada en el respeto y la autoridad, hospitalidad con los forasteros, etc., y, como contraste, mediante la crítica al modo de vida de las ciudades. También aparece un cierto etnicismo y xenofobia.
En Peru Abarca aparece una constante de Moguel: la preocupación social por los más humildes e incluso la crítica social. Se critica, por boca de Maisu Juan, el sistema judicial y a los funcionarios de la justicia. Peru ayuda a esconderse a Maisu Juan en vez de entregarlo a la justicia y le aconseja, sensatamente, que no se ponga nervioso ante la presencia del alguacil. A esta preocupación social se une la moral (el arrepentimiento de Maisu Juan) . El idioma, el sistema foral y los valores de la sociedad tradicional vasca, la moral y la religión están muy ligados en el tradicionalista Moguel.
Aunque el objetivo del autor es persuadir a los cultos vascos del valor de su lengua, Peru Abarca quiere también mostrar a los habitantes de la ciudad el mundo del campo y la sabiduría de sus gentes, para que los conozcan y estimen. En cualquier caso, la obra es un hermoso espejo que muestra la vida y la sociedad vasca, bajo un prisma conservador.
Peru Abarca ha sido un libro casi emblemático por su contenido lingüístico-ideológico. Ha sido objeto de polémicas en relación al tipo de euskera (vizcaíno tradicional, vizcaíno purista, euskera batua), y enarbolado como bandera para defender ideologías enfrentadas.