El argumento es el siguiente: el casero Peru y el barbero y cirujano Maisu Juan se conocen casualmente en una venta; negándose éste a pagar la comida, provoca la caída de la ventera y a continuación la cura. Peru lleva a Maisu Juan a su casa, le hace visitar los trabajos de matanza del cerdo, de la forja y del lino. Se encuentran y dialogan con un vascofrancés, un guipuzcoano y un cura. LLega el gendarme con la intención de apresar a Maisu Juan, registra la casa de Peru pero no reconoce a aquél por estar vestido con las ropas de éste, y se marcha.
La obra está estructurada, básicamente, en torno a seis diálogos entre Peru y Maisu Juan sobre la lengua y otros temas relacionados con el mundo rural vasco, y un diálogo entre dos eclesiásticos vascófilos. Peru representa idealmente a los baserritarras e ilustra las ideas del autor, mientras que Maisu Juan representa realmente a un tipo de vasco urbano y moderno que ha estudiado fuera del País, habla mal su idioma materno, y es un tanto relajado en las costumbres morales y religiosas. El diálogo entre los dos eclesiásticos (trasunto del propio Moguel y de Añibarro), tiene una entidad propia, aunque complementaria; el tema del cultivo literario, los personajes, el ejemplo de las versiones del latín al euskera y su tono elevado indican que la obra está dirigida a los eclesiásticos que debían ejercitarse en la oratoria sagrada.
Peru Abarca no se compone de meros diálogos con un cierto hilo temático. Hay una sencilla trama, hay episodios, se cuenta una historia, hay alguna acción. Pero lo importante no es el desarrollo de la acción ni el dramatismo: no es, estrictamente, novela ni teatro ni ensayo, sino algo intermedio, unos diálogos sui generis, o un género mixto. Lo importante es la búsqueda de la persuasión de unas ideas. La trama, sencilla, mantiene el interés y la intriga a través de los diversos episodios. La narración se desarrolla también a través de otras formas literarias (coplas, canciones, fábulas, refranes...), insertas en los diálogos, que sirven para contar e ilustrar las ideas del autor.
La obra contiene otras partes complementarias, con sus propias funciones. El prólogo en castellano ("Al lector vizcaino") sirve para explicar las diversas partes de la obra y compendiar las ideas del autor sobre el euskera. Cierra la obra una "Nomenclatura de diferentes voces bascongadas, comunes a los rústicos e ignoradas por no pocos de los bizcainos", que contienen más de 300 palabras, juzgadas por el autor de difícil entendimiento para el lector.
El género escogido por Moguel para la persuasión de sus ideas, el diálogo, es de tipo didáctico-filosófico originariamente, y tuvo gran aceptación en la antigüedad latina, en el renacimiento y en el siglo XVIII. El humanista Luis Vives es citado expresamente por Moguel como su modelo (Exercitatio Linguae Latinae, 1538-1539). En efecto, hay algún parecido entre los diálogos de Moguel y Vives en la forma, aunque difieren en el propósito y el contenido. Mayans, el editor de Vives, citado a continuación de éste en el Prólogo (punto 1), fue también autor de unos Diálogos sobre la Elocuencia. Y parece que Moguel trata de emular a Mayans por medio de la referencia y el elogio a Vives. El dialogo, como género didáctico, pretende enseñar deleitando, por medio de la amenidad y el atractivo, de acuerdo con los principios neoclásicos. Amenidad que le ha sido reconocida a la obra de Moguel por críticos como Mitxelena (1988: 115).