La guerra civil sorprende a Estornés afincado, junto con varios hermanos, en San Sebastián. Son los primeros momentos de la lucha en las calles y la formación de una columna para auxiliar Vitoria,la salida de los militares de Loiola para tomar la ciudad, su retirada y asedio. Mientras, en su localidad natal, Isaba, elementos falangistas lo buscan a él y sus hermanos. Días antes de la caída de la ciudad en manos de los sublevados contra la República, visita al ciego y casi centenario Campión que le manifiesta su horror, su condena de la rebelión.
Entretanto, la familia Estornés Lasa espera en Zarautz a que amaine "la militarada". Muchos piensan que se trata de un pronunciamiento más, algo semejante, como mucho, al golpe de Primo de Rivera. El 8 de setiembre pasa Bernardo en un vaporcito a San Juan de Luz, junto con Ramón Laborda, el promotor del espectáculo de Pospoliñas, Ignacio Barriola, Pío Montoya y otros. En Donibane pululan ya los refugiados. A los días de la caída de Donostia, aparecen Mariano y Alfonso Estornés. El otro hermano varón, José, protagonizaría directamente la guerra hasta 1939. Una prima bearnesa lleva a los huidos a su casa de Billére, cerca de Pau.
Pero también en Europa el panorama se ensombrece. En el invierno de 1937 los tres hermanos, Alfonso, Mariano y Bernardo, son confinados en el Norte de Francia, en Lille. En esta ciudad, una excelente Biblioteca Universitaria proporciona abundante material que Estornés, sobrado de tiempo y vacíos los bolsillos, no va a desaprovechar: Compte, Bergson, Kant, los geógrafos Brunhes y Martonne, las grandes Enciclopedias, H. Délacroix, etc.
A comienzos de 1938 la idea de volver se perfila como algo inalcanzable. Marchan a L'Havre con el disignio de partir hacia América y, desorientados, nuevamente a Pau. El Anschluss y la Conferencia de Munich dejan pocos resquicios a la duda. A la caída de Barcelona, en enero de 1939, se les sumó José Estornés, comandante de gudaris rendido en Santoña, condenado a muerte, canjeado, combatiente en Cataluña, procedente de un campo de concentración. En marzo las tropas alemanas ocupan Checoeslovaquia, en setiembre Polonia. El grupo fraternal se disuelve a tenor de las cada vez más difíciles posibilidades de obtener visados y dinero para los pasajes.
Estornés y su mujer, Ignacia Zubizarreta, con la que acaba de casarse en Pau el 8 de noviembre de 1939 al conseguir ésta salir de Gipuzkoa, logran, tras inverosímiles peripecias y merced a diversos comités de apoyo al refugiado, embarcar en Marsella rumbo a Chile en diciembre, llegando a Santiago el 4 de enero de 1940. Les acompaña un escueto equipaje, parte del cual, los dos volúmenes del Diccionario de Azkue...