Desde muy joven su padre intentó que contrajera matrimonio con el príncipe Felipe, hijo varón primogénito de Carlos V, pero los intereses e indecisiones de los consejeros de este monarca y el peso del poder de Francisco I, tuvieron como resultado que se casara con Guillermo de Clevès. Sin embargo, Enrique II de Navarra logró que se anulara dicho matrimonio, alegando que nunca llegó a consumarse, pero no pudo evitar que el nuevo monarca de Francia, llamado también Enrique, impusiera su opción de volver a casar a Juana con el príncipe de sangre real francesa llamado Antonio de Borbón.
Probablemente el aspecto más interesante de su reinado fue el relativo a las reformas eclesiásticas que emprendió en la Baja Navarra y Bearne, que contrajeron múltiples consecuencias, siendo una de ellas las Guerras de religión iniciadas en 1562 y finalizadas en 1598. Las firmes convicciones de Juana le llevaron en las Navidades de 1560, a abjurar del catolicismo de Roma y acoger de manera oficial el calvinismo. En los años siguientes promulgó una serie de medidas destinadas a implantar la Reforma protestante, entre las que destacaron la fundación de una Academia protestante en Rotes, en 1566, y la redacción de nuevas Ordenanzas eclesiásticas, entre los años 1566 y 1571.
Además, procurando llegar al mayor número posible de sus súbditos, ordenó que se redactasen textos religiosos en la lengua materna de cada uno de sus territorios soberanos. Para los bearneses fueron publicados en lengua bearnesa un catecismo de Juan Calvino (1563) y la traducción del Psautier de Marot, por Arnaud de Salette (1568). En lo referente a la Baja Navarra, la reina encargó al clérigo Juan de Lizarraga, que tradujese el Nuevo Testamento a la lengua navarrorum, siendo publicada dicha traducción en el año 1571, momento en el que el calvinismo se convirtió en la religión oficial de Bearne y la Navarra del norte de los Pirineos.