Oso gaztea zela alaba Felipe printzearekin (Carlos V.aren seme zaharrena) ezkon zedin saiatu zen Juanaren aita. Dena den, monarka horren kontseilariek zituzten interes eta zalantzen nahiz Francisco I.aren botereak zuen pisuaren ondorioz, azkenik Guillermo de Clevesekin ezkondu zen. Haatik, Enrique II.a Nafarroakoak ezkontza hori bertan behera uztea lortu zuen, sekula ez zela ospatu argudiatuta. Dena den, ezin izan zuen saihestu Frantziako monarka berriak (hark ere Enrique izena zuen) emandako agindua geldiaraztea, hots, Juana odol frantziarra zuen printze batekin ezkontzekoa, hain zuzen, Antonio Borbonekoarekin.
Ziur aski bere erregealdian egindako esku-hartze interesgarrienak Behe Nafarroan eta Biarnon gauzatutako eliza-berrikuntzekin dauka zerikusia. Berrikuntza horiek hainbat ondorio ekarri zituen, horietako bat 1562-1598 bitartean luzatu zen Erlijio Gerrena izan zen. Juana uste sendoko andrea zen eta, hala, 1560ko Gabonetan Erromako katolizismoa ukatu eta Kalbinismoa baitaratu zuen ofizialki. Hurrengo urteetan Erreforma Protestantea finkatzera bideratutako hainbat neurri aplikatu zituen. Horrela, 1566an Rotesen sortu zuen Akademia protestantea eta Eliza-ordenantza berrien erredakzioa (1566-1571 bitartekoak) dira ekimen azpimarragarrienetako batzuk.
Horrez gain, ahalik eta jopu gehienak bere alde izateko asmoz, eliza-testuak lurralde soberano bakoitzeko ama-hizkuntzan idazteko agindua eman zuen. Biarnoko herritarrentzat bertako hizkuntzan kaleratu ziren Juan Calvinoren Kristau-ikasbide bat (1563) eta Psautier de Marot testuaren itzulpena, Arnaud de Saletteren eskutik (1568). Behe Nafarroari zegokionez, erreginak Juan de Lizarraga elizgizonari Testamentu Berria bertako lengua navarrorum horretan itzultzeko eskatu zion. Hala, 1571n argitaratu zen itzulpena, Kalbinismoa Biarnoko eta Pirinioen iparraldeko Nafarroako erlijio ofiziala bilakatu zen garaian.