Este territorio fue descubierto por el piloto Juan de Lacosa (Juan Vizcaíno) en su viaje con Rodrigo de Bastidas en 1501. Su expedición lo recorrió de Este a Oeste y en 1502 Cristóbal Colón intentó poblarlo. En estas costas, cerca de Cartagena, el ilustre cartógrafo Juan de Lacosa murió combatiendo con los indios el año 1509, durante su viaje con Ojeda. En 1510 Vasco Núñez de Balboa, Fernando de Enciso y soldados supervivientes de la expedición Lacosa-Ojeda, fundan Santa María del Darién. sus primeros alcalde son Vasco Núñez de Balboa y el bilbaíno Martín Sánchez de Zamudio. Este último desempeña a la vez el cargo de Veedor de Fundiciones. Zamudio había sido en 1498 Alcalde de Fuero en Bilbao y después Oficial de la Casa de Contratación de Sevilla. Esta entidad, que centralizaba todo el comercio con América, servía de trampolín para saltar el océano. En 1513 Vasco Núñez de Balboa descubre el océano Pacífico. Entre sus acompañantes iban algunos vascos. Conocemos los nombres de Blas de Atienza y Juan A. Baracaldo, los primeros europeos que pisaban aquellas playas.
Había que revisar el acta del escribano Valderrábano para saber exactamente qué vascos iban en la expedición. El vasco Lope de Olano tenía su hacienda en Acla y había construido una fortaleza. Los indios arrasaron el pueblo y mataron a Olano a fines de 1516 o principios de 1517. Cuando Balboa volvió del descubrimiento proyectaba la construcción de naves para seguir sus exploraciones por el nuevo océano. Desde Acla que había sido reconstruida se llevarían los materiales preparados para armar las naves hasta el Pacífico. Pascual de Andagoya le ayudó en esta tarea. Cuenta estos detalles en su famosa Relación. Tras grandes penalidades llevaron los materiales de un océano al otro y construyeron la primera flota del Pacífico. pero los materiales se echaron a perder y justamente pudieron llegar a las islas de las Perlas.
En adelante, se construyeron en las orillas del Pacífico. Balboa envió a España al naviero bilbaíno Pedro de Arbolancha, su amigo, con la noticia del descubrimiento y perlas para los reyes. En 1519 Balboa fue procesado y decapitado por su suegro el injusto gobernador Pedrarias Dávila. El gobernador tomó posesión de las costas del Pacífico y de la flota de Balboa, en nombre de los reyes de Castilla. Asistieron Pascual de Andagoya que, como se sabe, fue el cronista de la primera historia de estas tierras; Juan de Castañeda, piloto, descubridor, naviero y estanciero; Juan de Abendaño que después ayudó a Pizarro en la conquista del Perú; Martín Cote, guipuzcoano, que figurará en las luchas de pizarristas y almagristas; Andrés Garaite y otros. Entre los primeros pobladores están Diego de Esquivel, el primero en utilizar el río Chagres como vía comercial, marcando la ruta que siglos después sería el canal de Panamá; el Dean Juan Pérez de Zalduendo, Lorenzo Galarza y Rodrigo de Utrico.
El emperador encargó a P. de Andagoya un estudio para abrir un canal interoceánico y estuvo encargado de habilitar el Chagres para la navegación. En 1516 la expedición de Gaspar de Espinosa parte de la costa del Pacífico y diversas regiones del interior. Andagoya es el fiel cronista de los descubrimientos en su Relación de los sucesos de Pedrarias Dávila. Entre los expedicionarios va el capitán Martín de Esarte, que sería navarro, pues este apellido existe en Salazar. En la segunda expedición de G. Espinosa hasta la actual Costa Rica, iban, además del piloto Castañeda, Martín de Murga, Lorenzo de Galarza, Beltrán de Guevara, Blas de Atienza, Diego de Ayala, Pedro de Lazcano, Juan de Salcedo y el infatigable Pascual de Andagoya que describe las tierras que descubren. Fue fundada Panamá el 15 de agosto de 1519, siendo gobernador Pedrarias Dávila, por el ya citado Gaspar de Espinosa. Hasta 1521 no se elige el primer ayuntamiento, siendo uno de los alcaldes el alavés Pascual de Andagoya. Uno de los pobladores iniciales fue Rodrigo de Lazcano que llegó en 1520 y era de la casa de Lazcano, en Guipúzcoa.
El año 1522 llega el licenciado Salaya o Celaya con el cargo de Alcalde mayor de la costa y mar del Sur. Por cédulas de 1535 y 1537 se funda la Audiencia y Chancillería Real de Panamá o tierra Firme a la que se agregaban, en 1539, las regiones de Nicaragua, Castilla del Oro y todo el resto del continente austral. (Diccionario de Historia de España. Revista Occidente). Al cobrar importancia el Perú, en 1544 es trasladada a Comayagua con el título de Audiencia de los Confines y en 1549 a Guatemala. En 1565 se restituye a Panamá con jurisdicción sobre Castilla del Oro, siendo Alguacil mayor de Corte Nicolás López de Isaga, que tenía el mismo cargo en 1542. Era Presidente de la Audiencia en 1570 Gabriel de Loarte. Receptores, Santiago de Orduña y Bartolomé de Vergara. En 1595 el alguacil de la Audiencia, Jerónimo de Zuazo, con el grado de Maestre de Campo combatió al pirata Drake. En 1607 era Contador Juan Pérez de Lazcano y Tesorero Juan de Ibarra; en 1618, Teniente de Escribano de Castilla del Oro, Pedro de Jáuregui.
El tráfico por Panamá era el más intenso del continente. En 1596, Francisco de Eraso tenía una flota de noventa y nueve naves. Y la de Miguel de Eraso era de ochenta y cinco. Los navieros vascos movían casi todo el tráfico marítimo de América. La flota que llegaba de la península esperaba en Cartagena (Colombia actual) el aviso de la llegada a Panamá de la del Pacífico. En Portobelo, al arribo de las naves de Cartagena, se personaba el presidente de la Audiencia de Panamá y se reunía en la nave capitana con el General de galeones y dos diputados representantes del comercio de Portobelo y Panamá. Allí se determinaba el precio de las mercancías, sin que nadie pudiera alterarlos. Allí se juntaban las riquezas de América y Europa: por las calles y plazas se veían los cajones de oro y plata. Las recuas de mulas, de hasta cien animales, hacían el tráfico entre los dos puertos, de un océano a otro.
La gran feria duraba sesenta días. Otro naviero vasco importante era Pedro de Arbolancha, bilbaíno, que traficó con América durante 18 años, desde 1496 a 1514, en esta zona americana de los primeros tiempos descubridores. Panamá era escala de conquistadores que partían en dirección norte a Costa Rica y Nicaragua y en dirección sur a toda la América ecuatorial y austral. En 1556 el capitán navarro Pedro de Ursúa se encarga de sofocar la rebelión del reyezuelo negro Bayano. Tras dos años de persecución por las montañas lo apresa y lo manda a España.