En esta época compuso muchas partituras de distinta naturaleza, pero en 1938 se planteó el interrogante de qué orientación adoptar, al escribir música religiosa litúrgica. Tras los consejos que recibió de Dom David Pujol, compuso una serie de motetes y parte de su Itinerarium mysticum para órgano. En 1939 continuó escribiendo partituras de música religiosa. El 9 de agosto escribió la plegaria O Jésus, amour, que era una Oración por la unidad. La compuso influenciado por el tenso rumor, que corría en torno a una posible guerra europea. En enero de 1940, iniciada ya la II Guerra Mundial, compuso Priez pour paix sobre un texto de Charles d'Orléans. El convento de Toulouse se llenó de religiosos refugiados. Por eso se trasladó al convento de Mont de Marsan, donde residiría un año. Pero su obsesión era regresar a Lecaroz. El 1 de marzo de 1941 recibe del Superior Provincial la autorización para residir en Bayona. El 8 de abril se constituye la Schola Sine nomine. En mayo de 1941 sufrió una fuerte depresión, que casi le llevó a solicitar la supresión de sus compromisos religiosos. Pero superó el mal trance y continuó escribiendo nuevas obras.