Blanca erregina 1441eko maiatzean hil zen. Haren testamentua arraroa izan zen oso, izan ere, foruak hautsi gabe, Carlos utzi zuen oinordeko gisa, odol-eskubidez zegokion moduan. Hala eta guztiz ere, berez Nafarroako erregearen titulua baitara bazezakeen arren, aitaren (Juan II errege ezkontidea) baimenik gabe tituluaz ez jabetzeko eskatu zion testamentuan Blancak. Eta azkenik, inkoherentzia hori izan zen nafarrak elkarren aurka jarri zituen gerra zibila sortzea eragin zuen arrazoi nagusietako bat. Gerra hori baretu eta berpiztu egiten bazen ere, orotara ia 50 urte iraun zuen.
Carlos erreinuko ordezkari militar modura geratu zen eta Juan II erregea zen politika arloa zuzentzen zuena. 1443an, Blanca erregina hil zela bi urte baino igaro ez zirela, Juan bigarrenez ezkondu zen. Kasu horretan Gaztelako almirantearen alaba zen Juana Enriquezekin. Ezkontza horrek berriro sortu zuen aita-semeen arteko haserrea eta baita alde bateko zein besteko jarraitzaileen artekoa ere. Nafarroa bi sektoretan banatu zen: beaumondarrak (Carlosen aldekoak) eta agaramontarrak (Juan II erregearen aldekoak).
Nafarroan bi administrazio paralelo sortu ziren: bata agaramontarren sektoreak zuzentzen zuena Juan II.aren izenean, Zangozan finkatua eta erreinuaren zati handi bat kontrolatzen zuena. Bestea beaumondarra, Carlosen izenean gobernatzen zuena eta Iruñean finkaturik zegoena.
1451ko martxoan Carlos printzeak etsi eta bere aitaren mende jarri zen, ia baldintzarik gabe. Dena den, liskartutako bandoak jadanik Carlos eta Juan II.aren eskubideak defenditzetik haratagoko gerra batean zeuden murgildurik. Horren adibide da sektore agaramontarrak Donibane Garazin zuen kokalekua mantendu izana eta Beaumondarrak kargugabetu ez izana. 1455an Gaston de Foix, Biarnoko bizkondea (Leonor infantarekin ezkonduta zegoena) sartu zen gerran, Juanek Nafarroako tronuaren ondorengotza ziurtatu ostean (legez halakorik ezin bazuen egin ere). Trukean Biarnoko bere tropak Nafarroara ekartzeko eskatu zion, Carlos printzearen aldeko bandoa murrizteko. Gatazkak aurrera jarraitu zuen eta 1457ko martxoan Iruñean elkartutako Gorte Beaumondarrek Carlos izendatu zuten errege moduan.
1460ko urtarrilean eman zitzaion gatazkari amaiera "Bartzelonako Konkordia" sinatuta. Hurrengo urtean Vianako Printzea hil zen. Jadanik Carlos hilik bazegoen ere, nafarren arteko gatazka ez zen eten. Blanca Carlosen arreba zen eta horregatik Nafarroako erregetza eskuratzeko lehentasuna berak zuen arren, Juan II.ak erabaki zuen bere alaba gazteena (Leonor) izango zela oinordekoa. 1464an bazirudien gatazka amaitu egingo zela, izan ere, Blanca hil egin zen, ustez pozoituta.
Beaumondarrek Leonorrek eta haren senar Gaston de Foixek eskainitako barkamena onartu zuten. Hala, orduan Nafarroako ordezkari militar bilakatu ziren infantaren eta Biarnoko senarraren inguruan batu ziren.
Hortik gutxira Leonor eta aitaren arteko liskarra piztu zen, izan ere, ez zuten adostasunik lortu bakoitzak zituen proiektu politikoak bateratzerakoan. Horrenbestez, Leonorren politika "nabarristak" talka egiten zuen maiz aitaren (Aragoiko erregea) politika "aragoiarrarekin". Liskarrak 1469an jo zuen goia. Orduan Juan II.ak Nafarroako ordezkari militar izatetik kendu zituen Leonor eta bere senarra, kargua haien semeari eman ziolarik, aitaren izen bereko Gaston gazteari. Haatik, aragoiarrak jarritako neurriak ez zuen luze iraun, izan ere, Gaston gaztea 1470eko azaroan hil zen Libournen, txapelketa batean izandako zauri ugarien erruz. Gaston gazteak bi seme-alaba utzi zituen, Francisco Febo eta Catalina, Frantziako Magdalenarekin 1462an ezkondu ostean izan zituenak.
Une hartan agerian geratu zen Leonor eta bere senarraren ildo politikoa, izan ere, Frantziako hegoaldeko hainbat noblerekin batu ziren, Frantziako erregearekiko gero eta independentzia politiko handiagoa eskuratzeko asmoz. Nafarroari zegokionez, proiektua lehengo bera zen. Juan II.ak garatutako politika kaskarra erauzi nahi zuten, izan ere, erreinua krisi sakon batean sartua zen. Leonor printzesak eta Gaston de Foixek Nafarroaren gaineko kontrola areagotu nahi bazuten ere, Gaztela eta Aragoiko ondarea ere areagotu nahi zuten. Helburu horrekin, Juan II.a presionatu zuten hark Nafarroako Blanca erreginarekin ezkondu zenean egindako promesak bete zitzan, Juanek ezkontzan emandako dotea entregatzeari buruzkoak, hots: Infanterria, Medina del Campo, Olmedo, Peñafiel eta Cuellar hiribilduak (Gaztelako erreinuan kokatuak), eta Aragoiko koroan kokatutako Gandiako dukerria, Ribagorzako konderria eta Montblanc eta Balaguer hiribilduak. Arrakastarik ukan ez arren, Nafarroako hurrengo erregeek (Juan III eta Catalina I) bere egin zituzten aldarrikapen horiek. Hala, sarritan eskatu zieten Errege Katolikoei herri horiek entregatzeko.
1471ko maiatzean Leonorrek eta aitak akordio bat sinatu zuten. Hala, Juan II.a errege modura berretsi eta printzesa eta Gaston de Foix senarra erreinuko gobernadore ezeztaezin izango ziren. Beaumondarren sektoreak ez zuen begi onez ikusi akordioa. Gauzak horrela, Leringo kondeak, Luis de Beaumontek Nafarroan gatazka zibila berrabiatu zuen. Leonor beldur zen gerran Enrique IV.aren ondorengotzaren ondorioz asaldatutako Gaztelako bandoak nahastuko ote ziren. Gobernadoreek Biarnon ejertzito bat batzea lortu zuten, Nafarroa Garaira abiatuko zena. Hala ere, gerran nahiz moneta arloan egindako ahaleginek ez zuten desiratzen zuten helburua ekarri, izan ere, Gaston IV.a 1472ko martxoan hil zen Orreagako kolegio-elizan eta haren ejertzitoa desegin egin zen.
Nafarroaren barnean egoerak okerrera egin zuen, izan ere, Jaun II.ak agaramontarren alde egiten jarraitzen zuen eta beaumondarrek beren gobernua mantendu zuten, erreinuko gobernadore eta ordezkari militar zen Leonor printzesaren gobernuaren paraleloan. Bestalde, Fernando Katolikoa Gaztelako errege ezkontide bilakatu zen. Bertatik aitaren politika esku-hartzailearekin jarrai zezakeen Nafarroari zegozkion gaietan. Modu horretan, 1476ko urrian Leonorrek eta Fernando Katolikoak akordio bat negoziatu zuten Tuteran. Akordioaren arabera, Fernandok erreinuaren protektoratua ziurtatzen zuen, horregatik Leonor printzesak muzin egin zion akordioa berresteari.