San Francisco kalean jaio zen. Aita Julian de Areilza zuen, albaitaria eta burdinola baten jabea, familia karlista batekoa. Ama, berriz, Ramona de Arregui, erlijioari estu lotutako emakumea, II. karlistaldian (1872-1876) setiatutako Bilboren eta hura erasotzen zuen Carlos VII erregearen kuartel nagusiaren artean, informazio- eta espioitza-gune bat zuzendu zuena.
Aita gazte zela hil zen (1867), ondorioz familiak arazo ekonomikoak zituen, baina arazo horiek Miguel de Areilza osabari esker arindu ziren; izan ere, gizon hark estatus ona zuen eta ejertzito karlistaren landa-mariskal ere izan zen. Hura arduratu zen iloben prestakuntzaz.
Valladolideko Unibertsitatean egin zuen karrera 1876 eta 1879 artean. Ondoren Parisera jo zuen. Han Polaillon eta Goselin ezagutu zituen Pitié eta Charité ospitaleetan.
Parisen emandako denbora erabakigarria izan zen amaren integrismoarekin talka egin zuen espiritu ireki bat garatzeari dagokionez; horrez gain, agnostizismoa ere bertan garatu zuen. Halaber, interes intelektual ugari eta anitzak esnatu zitzaizkion barnean. Ekialdeko erlijioa praktikatu zuen eta baita hipnotismoa ere. Hala, Charcot eskola ere ezagutu zuen bertatik bertara.