La crisis del Antiguo régimen está relacionada con la crisis de las instituciones Forales. Podemos decir que la crisis empieza cuando las instituciones forales son puestas en duda por el poder central y acaba cuando estas son definitivamente abolidas, en 1841 en Navarra, y en 1876 en Vizcaya, Guipúzcoa, y Álava. En Iparralde ya la Revolución había abolido todo privilegio y por ende todo derecho especial en 1789.
El ataque a los fueros en Hegoalde empieza ya con los reyes absolutistas Borbones, lo crea tensiones y conflictos continuos entre Madrid y las Instituciones forales. Después los fueros serán un obstáculo para la burguesía liberal que ve ahí un freno al desarrollo de la economía liberal. Durante la época de Carlos IV, su ministro Godoy se empeñara en hacer libros de historia adecuando los relatos que cuentan que los fueros son privilegios otorgados por la realeza. Fernando VII restauró los fueros pero estos debían ser sin prejuicio de las leyes que dictaba Madrid, lo que trajo contradicciones continuas durante el periodo 1814-1833.
Las guerras carlistas serán la imagen más clara de la crisis del Antiguo Régimen en Euskal Herria. Como dicho anteriormente , lo que es una pugna entre liberales y conservadores se trasforma en Euskal herria en una guerra en pro y en contra de los fueros.
Los carlistas y liberales no son grupos homogéneos y tanto en un bando como en otro encontramos gente de la ciudad como de la zona rural. Lo que parece es que los que ostentaban el poder económico se encontraban en el bando liberal mientras los que sufrían las consecuencias de la crisis se hicieron con los carlistas. La pérdida de las colonias hace que la alta burguesía y la alta nobleza vea peligrar su hegemonía económica y necesita centralizar el estado para controlar la economía. Los liberales defenderán la centralización del estado en detrimento de las especificidades locales ya que necesita reforzar sus lazos con el estado para proteger sus intereses económicos. En el bando carlista se agrupa la iglesia, los pequeños comerciantes, los que defienden la economía tradicional y los defensores de los fueros. No es un grupo cohesionado y no está tanto a favor de la tradición y el conservadurismo sino más bien son los que en este contexto de crisis profunda, los sufren sus consecuencias en primera mano. Por eso se habla de la base popular de Carlismo en Euskal herria. Incluso, el carlismo oficial no defendió los fueros, lo hizo después para atraer los habitantes de las tierras vascas. Estos se alían al carlismo porque garantiza la existencia de los fueros mientras que los liberales los ponía en peligro de extinción. Karl Marx define la realidad que avanzamos:
"El carlismo no es un puro movimiento dinástico y regresivo, como se empeñaron en decir y mentir los bien pagados historiadores liberales. Es un movimiento libre y popular en defensa de tradiciones mucho más liberales y regionalistas que el absorbente liberalismo oficial, plagiado por papanatas que copiaban a la Revolución francesa. Los carlistas defendían las mejores tradiciones jurídicas españolas, las de los fueros y las cartas legítimas que pisotearon el absolutismo monárquico y el absolutismo centralista del estado liberal. Representaban la patria grande, como suma de las patrias locales. Con sus peculiaridades y tradiciones propias".
Aunque ya Francia había comenzado su proceso de centralización en la época de Louis XVI, en Iparralde la crisis de los derechos vascos la marca el proceso revolucionario de 1789. El 4 de agosto de 1789 junto con los privilegios de nobles y clero se perderán los de las instituciones vascas. Ello provocará resisitencias que Francia tachará de contrarevolucionarias y durante la época del Terror se multiplicaran las detenciones, ejecuciones y deportaciones de la población civil. Durante la Guerra de Convención se les acusará de colaborar con España cuuando en Hegoalde se les acusaba de afrancesados. Los representantes vascos intentaron una y otra vez reivindicar la especificidad vasca. Ahí tenemos en ejemplo de los hermanos Garat con la propuesta de un departamanteo vasco y la propuesta hecha a napoleón de la Nueva Fenicia. El afán centralizador francés hizo oídos sordos a las demandas vascas y busco pretextos para suprimir los derechos de los gozaban los vascos.