Con Navarra el problema fue parecido, aunque con matices. Navarra tenía aduanas con Francia, Guipúzcoa, Aragón y Castilla, pero en ellas se percibía una tarifa muy inferior a la que regía en Castilla. Con el fracaso del traslado de las aduanas a la costa y a la frontera francesa a principios del siglo XVIII, el monarca, en 1748, se encargó del control de las aduanas pagando al Reino 236.500 reales de plata al año. El coste de intentar disminuir el contrabando, reforzando la vigilancia, le suponía al rey más que el rendimiento de los derechos aduaneros. Cuando se autorice el comercio directo con América, y se establezca el arancel de 1782 el monarca adoptó para los productos navarros parecidas medidas a las que tomó con los vascos. Pero dado que la Ribera Navarra era una zona agrícolamente rica y que enviaba cereales a Castilla, fue surgiendo un grupo de intereses proclive al traslado de las aduanas, que se unió a los hacendistas reales.
En Navarra el reino estableció el monopolio del tabaco en 1642, pero gravado de forma más leve que en Castilla, con lo que el contrabando por el cordón aduanero del Ebro fue intenso. En fechas próximas a las que el monarca trasladó las aduanas a la costa y a la frontera gala a principios del siglo XVIII, el rey se hizo cargo del arriendo del estanco del tabaco en Navarra, comprometiéndose a no subir el precio y a pagar a la hacienda del reino de Navarra la cantidad percibida en el último arriendo (46.500 reales de plata). De esta forma el monarca esperaba controlar y limitar el contrabando a Castilla reforzando, a su costa, los servicios de custodia de la frontera. Dado el éxito muy parcial obtenido, el monarca en 1742 devolvió al reino el estanco, para retomarlo en 1744, pero ahora tratando de igualar el precio de venta del tabaco en Navarra.
No sin tensiones, al final las aduanas se situaron en la frontera con Francia. A partir de entonces, los aranceles generales del reino se aplicaron en todo el territorio y desaparecieron las aduanas interiores. Los aranceles generales de España fueron prácticamente todos de corte claramente proteccionista, y en su promulgación y defensa los industriales guipuzcoanos y vizcaínos jugaron un papel relevante.