Tras la guerra de la Independencia los problemas se agudizaron. Por un lado la incipiente revolución industrial británica producía hierros baratos y estos penetraban en el País Vasco sin pagar derechos. Además, tras la paz se produjo la llegada de cereales baratos y los precios de los productos agrícolas empezaron a caer con fuerza, creando problemas a los productores de granos, a los pequeños propietarios y a los arrendatarios, pero sobre todo a los terratenientes perceptores de rentas en especie que luego comercializaban.
El régimen liberal del Trienio (1820-1823), por ley de 5 de agosto de 1820, prohibió la importación de trigo y harinas. Esta legislación afectaba a todo el reino, ya que los liberales trasladaron las aduanas a la costa y a la frontera francesa, prácticamente sin oposición. Cuando perdieron el poder, las aduanas retornaron a su lugar previo.
Entre los damnificados por la llegada del exterior de granos baratos estaban los jaunchos, los terratenientes de la tierra, que vivían de vender la renta en especie pagada por sus inquilinos y que controlaban las juntas provinciales. No obstante la legislación foral, una Real Orden de 11 de julio de 1825 hizo extensiva a las tres provincias la prohibición de introducir granos, harinas y legumbres del extranjero, Real Orden aceptada sin oposición. Cuando los comerciantes donostiarras, en un intento más por tener acceso al comercio colonial, intenten modificar en sistema aduanero, reprocharán ácidamente a los proderhabientes de las juntas su doble rasero: "Nada hay más conforme al fuero que la libertad de traer granos y bastimentos para el surtido de esta provincia estéril; nada repugna tanto como la extracción de aquellos artículos; la solicitud de los Guipuzcoanos en este particular está consignada en mil lugares. Sin embargo, en Junta 14 de las generales de 1825 se estableció la libertad de exportar granos indígenas a las otras Provincias del Reino; y además se dispuso que queda prohibida la introducción de granos extranjeros cuando se prohiba para el resto del Reino, o para algunas provincias que a juicio de la Diputación tengan analogía con Guipúzcoa. No hay que fatigarse para probar que esta es cosa que no solamente no está en el fuero, sino que es contra el fuero, pues la misma Junta declaró que lo que disponía era una variación del fuero. Las Juntas generales de 1827 consagraron la prohibición de introducir granos extranjeros, proclamando la abundancia de cereales para justificar la infracción del fuero que fundó en la escasez de granos la liberad de introducirlos: la variedad de circunstancias justifica la variación de ese estuto. "Poco después "La Junta 17 de las generales de 1828 prohibió la introducción de ganado y carnes del extranjero" (Exposición del ayuntamiento y Junta de Comercio de San Sebastián a la Provincia en las generales que celebró en la misma Ciudad por el mes de Julio de 1831"). En la Memoria justificativa de lo que tiene expuesto y pedido la ciudad de San Sebastián para el fomento de la industria y comercio de Guipúzcoa de 1832 reiteraba su denuncia. Así pues, en los años veinte, de facto, ciertos productos empezaron a pagar derechos de aduanas en la costa y en la frontera francesa. Aunque sólo después de la Primera Guerra Carlista, en 1841, las aduanas se trasladaron definitivamente a la costa y frontera francesa, con fuertes protestas por parte de los gobiernos galo y británico y muy en especial por el comercio de Bayona, uno de las principales beneficiados por el peculiar sistema aduanero vasco. Prácticamente la totalidad de los autores que escribieron en la segunda mitad del siglo XIX sobre la medida la relacionaron con las inversiones en industria ligera efectuadas sobre todo en Vizcaya y Guipúzcoa y que representaron los primeros y sólidos pasos en el proceso de industrialización del País Vasco.