Las aduanas en el interior iban a favorecer el contrabando ya que resultaba bastante fácil almacenar los bienes descargados el los puertos de Vizcaya y de Guipúzcoa sin pagar derechos y esperar la ocasión propicia para, aprovechando el laxo cordón terrestre, introducirlos en Castilla sin devengar derechos. El contrabando tomó a partir de mediados del siglo XVII un claro aspecto fiscal debido a la creciente importancia que fue adquiriendo el estanco del tabaco, establecido por Real Cédula de 28 de diciembre de 1636 en Castilla, entre las rentas de la Real Hacienda. Los ingresos proporcionados por el estanco del tabaco en forma de rapé o en hoja, se convirtieron en uno de los principales de la monarquía. Como los tabacos eran productos ligeros, poco voluminosos, de considerable precio y muy gravados, los estímulos para contrabandearlos fueron elevados.
El contrabando de tabaco, las tensiones entre los comerciantes, algunos implicados en tan lucrativo e ilegal tráfico, y los mayorazgos bilbaínos y la política borbónica subyacen al Real Decreto de 31 de agosto de 1717 que extinguía las aduanas en el interior y las situaba en Bilbao, Pasajes, San Sebastián, Fuenterrabía y la frontera francesa. Este Real Decreto se matizó con las Reales Órdenes de 14 de marzo y 1º de agosto de 1718 por las que se establecía que no se iba a cobrar derechos de entrada por mar o por tierra al trigo, cebada, legumbres, aceite, grasa de ballena, ni carnes traídas para el consumo interno, ni se gravaría al hierro exportado. Por motivos diversos, campesinos próximos a la villa de Bilbao y gentes de la costa penetraron en Bilbao de forma violenta el 4 de septiembre de 1718 y durante dos días controlaron la villa.
Persiguieron y mataron a algunos de los representantes del rey y de la provincia (diputado general, síndico...), a quienes responsabilizaban del traslado de las aduanas. En Guipúzcoa el motín tuvo menor extensión y fue más tardío (octubre y noviembre) y localizado en el valle de Léniz. La represión supuso el ahorcamiento de algunos amotinados, su posterior decapitación y exposición de sus cabezas en ciertos lugares, además de penas de cárcel y multas para otros. Un Real Decreto de 31 de diciembre de 1718 dejaba libres de derechos a todos los productos importados para uso y consumo de vizcaínos y guipuzcoanos excepto el cacao, el azúcar, el tabaco y otros bienes traídos de Indias, cuyo comercio estaba prohibido. En 19 enero de 1719 Francia declaraba la guerra y a fines de abril tropas galas invadían España. Las aduanas se retiraron a Vitoria y Salvatierra y aunque el ejército francés se replegó en 1720 las aduanas no volvieron a la costa. Un Real Decreto de 16 de diciembre de 1722 mandaba retornar las aduanas al interior a partir de 1º de enero de 1723 y al año siguiente se autorizaba la introducción y comercio para los naturales del Señorío de Vizcaya y provincia de Guipúzcoa del tabaco, cacao, azúcar... antes prohibidos. Pero para evitar los verosímiles fraudes propiciados por un amplio cordón aduanero terrestre un Real Decreto de 17 de noviembre de 1727 concedía libertad de introducción de tabaco y demás géneros hasta entonces introducidos, incluido el cacao, el azúcar, el chocolate, las vainillas, canela y especiería sólo para exclusivo consumo de los naturales de los dos territorios. Una Real Cédula de 16 de febrero de 1728 precisaba que el tabaco y los productos coloniales se podían meter procedentes de América vía Cádiz o del extranjero, pero no permitía que tabacos y coloniales se pudieran llevar a Castilla o Navarra sin expresa orden de Su Majestad o de los superintendentes de rentas generales.
Otras zonas de la cornisa cantábrica como las Cuatro villas santanderinas o en ciertas épocas la villa asturiana de Llanes, gozaron del privilegio de importar sin pagar diezmos de la mar bienes para su propio consumo, aunque las aduanas estuvieron siempre en la costa.