Aduanas en la costa y protección al comercio, artesanado e incipientes fábricas. Dado que una parte importante de la recaudación fiscal del monarca reposaba sobre el estanco del tabaco, el contrabando lesionaba los intereses fiscales del rey, debido a las grandes facilidades para su entrada ilegal en Castilla. Esta situación dio lugar a tensiones entre las provincias y la corona a lo largo del Siglo de las Luces. Una Real Orden de 1743 señalaba la continuación de los fraudes y las aprehensiones de tabaco introducido ilegalmente en Castilla y Aragón en detrimento de las rentas reales. El 4 de agosto de 1749 se autorizó a los guardas de aduanas a penetrar en las provincias vascas para descubrir a los contrabandistas, pero sin jurisdicción, es decir, podían denunciarlos, pero serían juzgados por los alcaldes de la localidad en la que fueran detenidos. En 1761, 1762, 1773, se volvieron a tomar medidas contra el contrabando. En 1775 el rey volvió a quejarse debido a varias gruesas cantidades de tabaco introducidas en Castilla de contrabando y procedentes de Guipúzcoa.
A partir del último cuarto del siglo XVIII a las tensiones derivadas del contrabando de productos fiscalmente muy gravados en Castilla, se añaden los generados por las modificaciones de la política económica por parte de los Borbones, una política económica de corte ya proteccionista. Los Borbones intentaron recuperar cuotas crecientes del comercio activo con sus colonias americanas y desarrollar actividades industriales bien a través del fomento del artesanado o de incipientes fábricas privadas bien a través de las manufacturas reales.
Ahora el contrabando no iba a lesionar sólo intereses fiscales sino actividades económicas e intereses particulares. De ahí que contra el sistema aduanero vasco se empezaran a posicionar no sólo muchos hacendistas de la corona, sino el comercio de Santander y sectores textiles que se estaban modernizando. Para agilizar el comercio con América y favorecer la mayor presencia en el mismo de productos nacionales la monarquía concedió a una serie de puertos españoles la libertad para comerciar con América (normativas de 1765 y sobre todo de 1778), pero excluyó a los situados en los territorios que se empezaban a conocer como Provincias Exentas. La razón parecía residir en que si se les autorizaba a comerciar directamente con las colonias, manteniendo las aduanas en el interior, las posibilidades de que trajeran productos manufacturados extranjeros y los reexportaran como si fueran vascos, serían elevadas, anulándose así los posibles efectos beneficiosos del libre comercio con América sobre la actividad artesanal. En 17 de mayo de 1779 la monarquía dio un paso más. Se ordenaba que los derechos señalados en el reglamento del comercio con América "se cobraran igualmente a su extracción por mar para los puertos de estas provincias" exentas, y además que las manufacturas "de las mismas provincias pagasen a su introducción en las aduanas de la frontera de Castilla o en los puertos habilitados [para el comercio con América]... iguales derechos de arancel." El hierro en barras vasco enviado a Castilla quedaba libre de estas imposiciones. Los comerciantes donostiarras intentaron ya en 1787 habilitar su puerto para el comercio directo con América sin éxito, debido a que se estimó que el proyecto era opuesto a los fueros y franquezas de la provincia. También fracasaron sus nuevos intentos de inicios del siglo XIX. Debido a estas medidas, las modestas fábricas de molinería o los curtimientos que tenían como su principal mercado Castilla, ubicados en los alrededores de Bilbao, se trasladaron a Santander, en donde además pudieron disponer de cueros importados de América. Paralelamente los ferreteros vascos presionaban a la monarquía para que elevara los derechos sobre los hierros extranjeros, e incluso que los prohibiera, en el resto de España.