La existencia de ciertos tributos en los puertos costeros de Vizcaya y Guipúzcoa parece documentada ya en la Alta Edad Media, como era el caso de la lezda, contribución de cuyo pago el monarca Sancho de Navarra eximía a San Sebastián (c. 1.180) o el treintazgo de las villas vizcaínas, vinculado a la retribución del cargo de preboste, que recaía sobre los productos de comer, beber y arder y que, en el caso de la villa de Bilbao, perduró hasta principios del siglo XIX.
Los derechos que podemos considerar ya derechos de aduanas, los llamados diezmos de la mar, se establecieron en tiempos de Alfonso X el Sabio y figuran como percibidos en la segunda mitad del siglo XIII en Irún, San Sebastián, Deva... pero no en los puertos del Señorío de Vizcaya. Teóricamente se trataba del diez por ciento del valor de las mercancías entradas y salidas, pero con la peculiaridad de que en el caso de tratarse del mismo mercader se compensaba los derechos de lo importado con los de lo exportado. Por razones que nunca se expresan, estos diezmos de la mar no se percibieron en Vizcaya, parte de la cual era señorío del poderoso y turbulento Don Lope de Haro y Bearn, personaje clave en los conflictos dinásticos entre Alfonso X y su hijo el futuro Sancho IV. En el caso del Señorío de Vizcaya los lugares de percepción se ubicaban en el interior, en Orduña, Valmaseda y Vitoria. En Guipúzcoa, el cordón aduanero con el reino de Navarra se situaba en Tolosa y en las aduanillas de Segura y Ataún.
Esta situación inicial se fue modificando con el paso del tiempo por varias razones, entre las que destacan dos. Una, el efecto imitación con respecto al Señorío de Vizcaya, que también actuó hacia territorios situados al Este (Cuatro villas santanderinas), otra los conflictos con Navarra y sobre todo con Francia. Para garantizarse la fidelidad de los guipuzcoanos éstos fueron consiguiendo parecidas ventajas fiscales a las que gozaban los vizcaínos, bien por ciertas villas de forma puntual, bien por el conjunto de la provincia. Los monarcas castellanos estaban muy interesados en tener esos territorios fronterizos bien poblados y con gentes leales, de ahí las ventajas que les fueron concediendo. Otro de los posibles motivos residió en la pobreza agrícola de la zona costera y ya para esas fechas la importancia adquirida por el sector siderometalúrgico que implicaba la importación, incluso en años normales, de alimentos por mar. El no pagar derechos de entrada sobre los mismos contribuía a su menor precio y por tanto, indirectamente, a abaratar los salarios. Muy pronto (1.286) Sancho IV de Castilla libró de los diezmos de la mar a las sidras que se trajesen para el consumo de los vecinos de San Sebastián. Juan II, en 1408, habría eximido del mismo impuesto a los mantenimientos importados para ser consumidos en Guipúzcoa.