A lo largo de estos años de autonomía se han sucedido gobiernos diferentes y la Consejería de Educación ha sido ocupada por Consejeros pertenecientes tanto al Partido Socialista, Partido Nacionalista Vasco como a Eusko Alkartasuna:
- 1978 - 1980 Santamaría Ansa, Karlos
- Mayo de 1980 - febrero de 1984 Etxenike Landaribar, Pedro Miguel
- Abril de 1984 - enero de 1985 Urrutia Elejalde, Juan
- Enero de 1985 - Marzo de 1987 Churruca Arellano, Juan
- Marzo de 1987 - febrero de 1991 Recalde Díez, José Ramón
- Febrero de 1991- septiembre de 1991 Oliveri Albisu, Inaxio
- Septiembre de 1991- enero de 1995 Buesa Blanco, Fernando
- Enero de 1995 - diciembre de 1998 Oliveri Albisu, Inaxio
- Enero de 1999- mayo de 2001 Oliveri Albisu, Inaxio
- Junio de 2001 - septiembre de 2001 Intxaurraga Mendibil, Sabin
- Septiembre de 2001 - junio de 2005 Iztueta Azkue, Anjeles
- Junio de 2005 - mayo de 2009 Campos Granados, José Antonio
- Mayo de 2009-2012 - Celaá Diéguez, Isabel
- 2012-2020 - Cristina Uriarte
- 2020- Jokin Bildarratz Sorron
Los retos a los que se ha tenido que enfrentar cada gobierno han sido completamente diferentes y no cabe duda de que, fruto del trabajo de todos, es la buena calidad del sistema educativo en la Comunidad Autónoma Vasca. Así, en el decenio de los ochenta, los primeros gobiernos trabajaron para buscar una cobertura legal para las ikastolas que, como una tercera red escolar, había estado funcionando hasta esa fecha. En este sentido, ya en 1980 se inicia un proceso de institucionalización a través de la titularidad oficial de las ikastolas. Las ikastolas eran centros públicos no estatales, a los que se les imponía una serie de condiciones: la cesión de uso y titularidad, la representación en los estamentos escolares y órganos de gobierno de las ikastolas, normas para la matriculación; profesorado por concurso-oposición; planificación de puestos escolares; sistema de control económico; programas y planes pedagógicos y la aceptación de las disposiciones del Departamento de Educación.
En este proceso de la llamada normalización, se creó el Euskal Ikastolen Erakundea (EIKE) Instituto Vasco de Ikastolas en 1983, como un organismo autónomo dentro del Departamento de Educación, que se establecía como un paso transitorio hacia la consolidación de la Escuela Pública Vasca. En 1986 el Tribunal Constitucional dictó una sentencia favorable a EIKE con vías de normalización jurídica de las ikastolas. Por otra parte, mediante el Decreto de 10 de junio de 1986 se aprobó el reglamento de Conciertos con las Ikastolas para el sostenimiento con fondos públicos de las ikastolas y centros de iniciativa social. Finalmente, y como pasos previos al diseño y la elaboración común de la Ley de la Escuela Pública Vasca, se aprobó la Ley de Confluencia de Ikastolas y la Escuela Pública (1988). En 1990 la Confederación de Ikastolas presentaba su propuesta para la normalización de las ikastolas.