Al margen de estas líneas permanentes de los diferentes programas de gobierno y de acción legislativa, también la Consejería de Educación ha llevado a cabo dos ámbitos de acciones educativas que muestran las inquietudes y preocupaciones de los diversos consejeros y equipos de gobierno en relación con dos ámbitos importantes en la actualidad: la atención a lo que en su momento se denominaba como "Educación Especial", término que ha ido evolucionando a lo largo de los años, y los "Programas de Innovación Educativa". Por lo que respecta al primer ámbito, en estos años se puede observar una evolución desde las etapas previas al Gobierno Vasco y que parte, en la década de los setenta, con la constitución de los centros específicos entre 1970 y 1980, para posteriormente, de 1982 a 1988, elaborar diversos Planes de Educación Especial para el País Vasco y, finalmente, a partir de 1988, entrar en la etapa que el propio Gobierno denominó como "De la escuela uni-núcleo e integradora, a la escuela inclusiva". Esta evolución concuerda con las preocupaciones mostradas por la legislación internacional sobre personas con discapacidad. Así vemos cómo se da una evolución, incluso en los conceptos, pues si en las primeras normativas se hablaba de alumnos minusválidos, luego hará referencia a alumnos con necesidades educativas especiales y, finalmente, ya se optará por la integración escolar como paso imprescindible para la educación inclusiva.
En relación con el segundo ámbito, el Gobierno Vasco, recogiendo muchas de las aportaciones que, en el campo de la renovación pedagógica, se estaban llevando a cabo tanto dentro de la Escuela Pública, como en la red privada y en las ikastolas, promovió programas de innovación educativa. En todo este proceso anterior, dos elementos son destacables por su vinculación a la renovación pedagógica: por una parte, el papel jugado por las ikastolas y sus implicaciones en el profesorado, en la elaboración de material, en las innovaciones metodológicas en la enseñanza del euskara, etc.; y, por otra, la vinculación de una parte importante del profesorado con los movimientos de renovación pedagógica y la defensa de una escuela pública vasca.
Estos programas, en general, solían ser experimentales y estaban dirigidos, tanto a la formación del profesorado como a poner en práctica las innovaciones emanadas de las diferentes reformas educativas. Paulatinamente estos programas irán institucionalizándose, creando diferentes organismos e instituciones, que serán las encargadas de promover, coordinar e implementar esta política de innovación educativa. En este sentido, tanto dentro del Departamento de Educación como en los diferentes Territorios Históricos, se crearon los Centros de Apoyo y Recursos, en 1984, los COP en 1988 y, finalmente, los Berritzegune en 2001.
Otros programas estaban dirigidos a la formación del profesorado, como los IRAPREST, IRALE, GARATU, etc., y otros, resaltando unas líneas prioritarias dirigidas hacia una escuela inclusiva, las dimensiones socio-culturales, la normalización lingüística y multilingüismo, la Ciencia, Tecnología y Sociedad y la Calidad y mejora de los centros escolares, apoyando programas de educación intercultural, conocimientos y habilidades para la vida, Educación para la convivencia y la paz, Educación para la equidad en medio desfavorecido y Educación para superar las barreras de aprendizaje en las Necesidades Educativas Especiales. Por lo tanto, a lo largo de estos años se aprecia que la actividad legislativa del Gobierno Vasco ha intentado abarcar diversos ámbitos que afectan no solamente a los centros educativos, sino a la formación del profesorado y a la creación de un curriculum adecuado a las nuevas necesidades, surgidas tanto en el ámbito educativo como en la sociedad.