En el interior del reino de Navarra el malestar contra el gobierno de Juana y Felipe IV era generalizado, si bien, la autoridad real logró mantenerse. Las juntas organizadas en Navarra pretendían que la reina Juana accediese a realizar el juramento de los fueros. De hecho, estaban dispuestas a enviar a París a los procuradores para recibir dicho juramento y también para rendirle fidelidad.
Por otro lado, las juntas redactaron para este acto una fórmula por la que el rey Felipe reconocía al príncipe Luis Hutín como heredero de la corona de Navarra. Luis, hijo de Juana con el rey francés, había nacido sólo unos pocos años antes, y al depositar la corona en él y no en su padre, el rey consorte, los navarros mantenían la posibilidad de que la monarquía francesa no asimilase el reino de Navarra como un territorio más de su corona. Por esta fórmula Felipe IV habría de comprometerse, en primer lugar, a entregar el gobierno del reino de Navarra a Luis, una vez fallecida Juana, cuando el hijo de ambos alcanzase la edad de 21 años. Asimismo debería entregarle la corona, aún en vida de Juana, si así era la voluntad de ella. En el caso de que la reina muriese sin dejar herederos de él, el monarca francés debía comprometerse a dejar el reino en manos de los "Tres Estados" para que éstos decidiesen y deliberasen sobre el heredero legítimo al trono.
Según Yanguas, los reyes llegaron a prestar el juramento de los fueros delante de los obispos de Pamplona, Acx, Bayona, Calahorra y Tarazona, los cuales se trasladaron a París para este acto. Este mismo autor afirma que el rey Felipe accedió a reconocer a Luis Hutín como heredero de Navarra. Por contra, en opinión de Lacarra no hay seguridad de que los reyes llegasen a efectuar el juramento de la forma y con las condiciones que habían sido dispuestas por las juntas.
La reina Juana falleció el mes de abril del año 1305, en Vincennes, con alrededor de 33 años de edad. En las disposiciones del testamento de Juana, fechado en marzo de 1304, la reina dispuso un solar en París para la fundación de una institución de enseñanza que llevase el nombre de "Colegio de Navarra". Su hijo Luis Hutín le sucedió en el trono de Navarra como Luís I y posteriormente sucedería también a su padre, en el trono de Francia, como Luis X.