La hermandad constituida por los buenos hombres de las villas siguió manteniendo sus reuniones y, por otro lado, también se reanudaron las juntas nobiliarias. En el año 1281 volvió a celebrarse la junta de infanzones en Obanos. El gobernador real Guerin de Amplepuis intentó impedir estas reuniones pues, en la consideración de los gobernadores, estas juntas eran un obstáculo para el libre ejercicio de la autoridad real. Ese mismo año el gobernador requirió una encuesta informativa con la finalidad de demostrar la ilegalidad de las asambleas, y el año 1289 al menos unos 21 nobles fueron coaccionados bajo la pérdida de todos sus bienes para que no formasen parte de ellas. En la junta de este año de 1289, entraron a formar parte de ella algunos miembros nuevos, mientras que otros caballeros, entre ellos Sancho Aznárez de Murguia, Sancho Sánchez de Leoz, Semen Périz de Ilurdoz y Pedro Périz d'Oarritz, salieron de ella asegurando no volver a realizar un juramento sin la autorización del rey o del gobernador.
El año 1283 se celebró otra junta en Olite a la que asistieron los diputados de Pamplona, Estella, Sangüesa, Olite, Puente la Reina, Laguardia, Los Arcos y Roncesvalles. En esta reunión se decidió que aquellos individuos llamados a juntas que no acudiesen, correrían con los gastos de los demás individuos. En 1294 varios concejos de villas como Pamplona, Estella, Tudela y Sangüesa, elevaron sus quejas sobre el gobernador del reino a los monarcas. Se quejaban de la actuación del gobernador en materia de justicia, y concretamente de que detenía a personas y las apresaba sin cumplir las garantías establecidas, contraviniendo los fueros, privilegios y libertades.
Para el año 1289 las villas constituían una sola hermandad, y en el año 1297 formalizaron su unión. En esta fecha los hombres de las villas y los infanzones de Obanos se coaligaron y realizaron el juramento de prestarse ayuda mutua para defender el reino contra los ataques de los poderosos. Al año siguiente volvieron a reunirse, en Pamplona, y en esta ocasión asistieron a la asamblea distintos cargos eclesiásticos como el obispo de ciudad, el obispo de Calahorra, el prior de Roncesvalles y el abad de Irache. Los congregados se comprometieron a no prestar ayuda a aquellos que no se adhiriesen a la petición realizada a los monarcas sobre el respeto de sus usos, fueros y costumbres.