Desde la última década del siglo XVIII los ayuntamientos vascos empezaron a vender de forma sistemática su parte de su patrimonio y lo continuaron haciendo durante las primeras décadas de la siguiente centuria. Dos tipos de bienes fueron desamortizados. Por un lado, los denominados "propios", es decir, aquellos bienes que generaban rentas para las haciendas municipales, y por otro, los bienes comunales. La razón de las numerosas ventas fue el lamentable estado en el que habían quedado las haciendas locales tras la Guerra de la Convención (1793-1795) y la Guerra contra Napoleón (1808-1814). Ambos conflictos bélicos tuvieron consecuencias especialmente graves en el País Vasco por su situación geográfica próxima a la frontera, de forma que los ejércitos franceses ocuparon el territorio y obligaron a sus municipios a costear su mantenimiento. En suma, las guerras contra Francia causaron la quiebra de las haciendas locales, lo que a su vez motivó la temprana desamortización de bienes municipales.
No es fácil determinar el volumen de lo vendido en esa primera desamortización, ya que ésta fue un proceso disperso y desarrollado mediante múltiples decisiones locales. El caso guipuzcoano es el mejor conocido. Entre 1808 y 1814 se enajenó alrededor del 10% de la superficie provincial. En Bizkaia la venta de bienes municipales fue un recurso habitual durante y después de la guerra napoleónica como lo muestra que las Juntas Generales de 6 de septiembre de 1814 confirmaran las ventas hasta entonces realizadas y las que en el futuro se hiciesen. También las Cortes de Navarra ratificaron en 1817 y 1818 la legalidad de las operaciones de enajenación del patrimonio municipal. Las Juntas Generales de Alava de febrero de 1808 autorizaron la venta de tierras municipales para financiar la guerra y entre 1811 y 1813 decretos del General francés Thouvenot continuaron la desamortización civil. Finalizada la guerra, también en Álava las Juntas realizadas sancionaron las ventas realizadas. En definitiva, en ese período se desarrolló la mayor parte del proceso de desamortización civil en el País Vasco, ya que fue entonces cuando más tierras y de mejor calidad se vendieron. Las consecuencias fueron graves tanto para los campesinos como para los pueblos. Despojados de los usos comunales, los labriegos perdieron recursos (leña, pasto, etc.) necesarios para las economías familiares. Y las haciendas municipales perdieron ingresos procedentes de bienes de propios y garantías hipotecarias para nuevos préstamos.
También en esta época se aprobaron las primeras medidas de desamortización eclesiástica. En 1798 para afrontar los graves problemas de la hacienda pública se aprobó la desamortización de Godoy, por la que se pusieron en venta las propiedades de la Compañía de Jesús, expulsada en 1767, y las tierras de hospitales y obras pías. En Bizkaia el valor de lo vendido fue escaso, unos 8 millones de reales (en toda España se vendieron bienes por valor de 1.500 millones de reales). Sin embargo, en Navarra se vendieron abundantes propiedades de hospitales, cofradías y obras pías en Olite, Tudela, Lizarra o Pamplona. Aunque durante la Guerra de la Independencia tanto la administración de José I como las Cortes de Cádiz aprobaron medidas desamortizadoras, su aplicación fue escasa y efímera. Durante el Trienio Liberal de suprimieron conventos (Fitero, Urdazubi, Leire, Iratxe, La Oliva, Marcilla), pero la restauración absolutista de 1823 los restableció. La desamortización, al igual que la revolución liberal española, fue un proceso interrumpido una y otra vez. Hasta que el régimen liberal no se afianzó, el proceso desamortizador no se desarrolló de una manera duradera y general.