La Ley General de Desamortización de 1855, promovida por el Ministro de Hacienda Pascual Madoz, reguló la última etapa del proceso, hasta 1924. La ley, además de continuar la desamortización eclesiástica, ordenaba la venta de tierras municipales, tanto propios como comunales, aunque permitía numerosas excepciones. En el País Vasco las instituciones forales se opusieron a la ley. Sin embargo, en 1859 la Diputación de Navarra y el Gobierno español llegaron a un acuerdo, por el que la desamortización civil se desarrollaría en Navarra bajo el control de la Diputación, que decidiría o no la venta de bienes municipales tras oír a los ayuntamientos y analizar las circunstancias de cada pueblo. Las diputaciones de las tres provincias mostraron una firme oposición a la ley Madoz, especialmente la vizcaína, y obstaculizaron su aplicación durante los primeros años. En 1863 llegaron a un acuerdo con el gobierno que permitía una aplicación singular de la ley. Las Diputaciones aceptaban finalmente el proceso desamortizador a cambio de participar en las juntas de ventas. Consiguieron así intervenir en la gestión del proceso desamortizador.
Esos conflictos institucionales retrasaron y limitaron la aplicación de la desamortización de Madoz en el País Vasco. En el bienio progresista (1854-1856) y sobre todo entre 1864 y 1868 se realizaron las principales ventas. En Navarra se vendieron entonces los restos del patrimonio eclesiástico, estimado en un séptimo de lo hasta entonces enajenado. En Álava, Bizkaia y Gipuzkoa la desamortización eclesiástica avanzó considerablemente en aquella época. En cuanto a la desamortización civil, se calcula que como consecuencia de la ley Madoz apenas se vendió un tercio de lo enajenado a inicios de siglo, ya que las mejores tierras ya habían sido privatizadas. De todas maneras, las tierras comunales no desaparecieron totalmente. En muchos municipios se mantuvieron. En la Navarra norte, por ejemplo, la mayor parte de las tierras comunales existentes a mediados del XIX continuaron como tales. En la zona sur, por el contrario, la privatización fue mucho más amplia. Tras la segunda guerra carlista la desamortización continuó pero afectó a pocas tierras y de escasa calidad.