Desde los años 30 del siglo XIX la desamortización adquirió nuevas características en el País Vasco. Si hasta entonces los ayuntamientos y sus bienes habían sido los principales elementos del proceso, desde 1836 las leyes aprobadas por el gobierno liberal y la enajenación de bienes eclesiásticos fueron sus protagonistas más destacados. El real decreto de febrero de 1836 impulsado por el Ministro de Hacienda Juan Álvarez de Mendizábal dio un impulso definitivo a la desamortización eclesiástica al ordenar la puesta en venta de los bienes del clero regular. Fue completado en 1841 con otra ley que decretó la venta de las tierras del clero secular.
La guerra carlista retrasó la desamortización eclesiástica en el País Vasco, al menos en algunos territorios. Su aplicación se produjo, sobre todo, entre 1840 y 1843, con los liberales progresistas en el poder, durante la Regencia de Espartero. Cuando los moderados recuperaron el poder en 1844 paralizaron de nuevo el proceso desamortizador.
La trascendencia económica de esta desamortización estuvo en relación directa a la riqueza del patrimonio eclesiástico en cada lugar. En Navarra, por ejemplo, se desamortizaron abundantes tierras. Entre 1836 y 1850 se vendieron en subasta pública más de 5.600 hectáreas, sobre todo en la zona sur y en el distrito de Pamplona. También en Álava fueron considerables los bienes vendidos en ese período. Para 1843 se habían vendido propiedades eclesiásticas en 111 localidades. En Gipuzkoa, por el contrario, la desamortización de Mendizábal tuvo poca importancia: el valor de lo vendido fue de un millón y medio de reales aproximadamente, el menor de todas las provincias españolas. En cuanto a los compradores, el caso mejor conocido es el de Navarra, gracias a las investigaciones de Javier Donézar. Según sus datos, los compradores fueron sobre todo altos funcionarios de la administración civil o militar , profesionales liberales, nobles o burgueses de Pamplona.