Pascual Madoz Ogasun ministroak 1855ean bultzaturiko Desamortizazioko Lege Nagusiak arautu zuen prozesuaren azken garaia, 1924. urtera arte. Madozen legeak Elizaren ondasunak ez ezik, udal-lurrak (propioak zein herri-lurrak) ere salgai jartzeko agindua eman zuen, salbuespen ugari baimendu arren. Euskal Herrian lege honek foru-erakundeen oposizioari aurre egin behar izan zion. 1859an Nafarroako Diputazioa eta Espainiako Gobernua legea ezartzeko akordio batera heldu ziren. Horren arabera Nafarroan desamortizazio zibila, alde batetik, diputazioaren agintepean burutuko zen eta, bestetik, herri-lurrak saldu aurretik Diputazioak berak, udalen iritzia entzundakoan eta herrian herriko egoera aztertuta, salgai jarri ala ez erabakiko zuen. Hiru probintzietako foru-aldundiek Madozen legearen kontrako aurkakotasun tinkoa erakutsi zuten, batez ere Bizkaikoak, eta lehen urteetan oztopatu zuten bere ezarpena. 1863an berauek ere Madrilgo gobernuarekin legearen ezarpen berezia adostu zuten. Aldundiek azkenik desamortizazio prozesua onartu zuten baina horren truke salmenta-batzordeetan parte hartuko zuten. Horrela Diputazioek desamortizazio prozesuaren kudeaketan esku hartzea lortu zuten.
Erakunde-gatazka hauek atzeratu eta mugatu egin zuten Madozen desamortizazioa Euskal Herrian. Biurteko aurrerakoian (1854-1856) eta batez ere 1864 eta 1868 bitartean burutu ziren salmenta nagusiak. Nafarroan Elizaren gainerako ondasunak saldu ziren, ordura arte saldutakoaren zazpiren bat inguru alegia. Araban, Bizkaian eta Gipuzkoan ere eliza-desamortizazioak aurrerapauso nabariak eman zituen garai horretan. Desamortizazio zibilari dagokionez, Madozen desamortizazioan XIX. mendearen hasieran saldutakoaren heren bat saldu zela jotzen da, udal lurrik onenak eta errentagarrienak jadanik besterenduak baitziren. Edozelan ere, herri-lurrak ez ziren erabat desagertu. Udalerri askotan iraun egin zuten. Nafarroako iparraldean, esaterako, XIX.mendearen erdialdean zeuden herri-lur gehienak, herri-lur izaten jarraitu zuten. Nafarroako Hegoaldean, ordea, udal-lurren pribatizazioa zabalagoa izan zen. Guda karlistaren ondoren desamortizazio prozesuak jarraitu zuen baina kopuru txikian eta kalitate gutxiko lurretan.