Las Cajas Vasconavarras pierden sus competencias. La Guerra Civil y la victoria del general Franco cambiaron sustancialmente las relaciones de las Cajas con el INP. No es que el régimen franquista fuera opuesto a la implantación de los seguros, al contrario, ya que intentó controlar el descontento de algunos sectores que habían visto descender su nivel de vida con medidas de tipo social, pero en aquellos años cualquier cosa que sonara a autonomía se miraba con suspicaz recelo. Comenzaron los problemas en 1939, justo cuando se estableció el Subsidio de Vejez que transformaba el Seguro Obligatorio, ampliando las bases y los beneficios. Se suspendió la colaboración con las Cajas y, únicamente, las Vasconavarras pudieron ser Delegaciones del INP. En 1940 firmaron nuevos convenios las Cajas de Navarra y Vizcaya; Guipúzcoa en 1941 ; y la Caja alavesa renunció. La Ley de 14 de diciembre de 1942, que estableció el Seguro Obligatorio de Enfermedad, sirvió para dar la puntilla a los convenios todavía existentes. El INP denunció dichos convenios e informó a las Cajas que iba a abrir sus propias Delegaciones provinciales, con ayuda de la organización sindical, no dejando más posibilidad que la de colaborar a través de sus sucursales en el cobro de cuotas y la parcela de seguros voluntarios e infantiles. Las Cajas de Navarra y Vizcaya cedieron a las presiones. La de Guipúzcoa intentó resistir y de hecho fue la última que mantuvo la condición de Delegación del INP hasta diciembre de 1943. En 1945 firmó nuevos convenios con el Instituto, relativos a seguros voluntarios e infantiles y otras áreas de colaboración. Convenios que merecieron la felicitación de otras Cajas, entre ellas la de Pensiones de Barcelona que los consideró todo un éxito, dadas las pretensiones del INP en esos años. La Ley de Bases de la Seguridad Social (Decreto n.° 193/1963 de 28 de diciembre), intentó ordenar la legislación social existente, sin demasiada fortuna, ya que no se consiguió la unificación que se buscaba y se dispararon los gastos. La muerte de Franco y la implantación de un Gobierno democrático devolvió al País Vasco parte de la iniciativa en este terreno. Pero bajo nuevas bases.