Comienza así un largo proceso de dictámenes, oficios, autos, informes, intercambios epistolares, etc. que se extiende durante más de un año y que sólo finalizará el 23 de junio de 1860, cuando el Consejo Provincial de Guipúzcoa emite sentencia, cuyas dos conclusiones principales, una vez estudiados todos los antecedentes, puede resumirse en los siguientes apartados:
- Se declara nula la escritura de Prol como Organista de Santa María del Juncal.
- Permite al Ayuntamiento la convocatoria de la plaza de Organista pues le compete "la facultad de proceder desde luego a su provisión en la forma que determinan sus ordenanzas municipales, sin obligación de indemnizar a dicho don Juan Antonio Prol los daños y perjuicios que puedan originársele por la negación del contrato".
La sentencia es dada a conocer en el pleno municipal del 18 de julio de 1860 y se decide invitar a Prol a que siga ocupando interinamente la plaza de Organista hasta que no se verifique la oposición y el consiguiente nombramiento oficial de su sucesor al frente de la organistía de Santa María del Juncal.
La propuesta municipal de continuar desempeñando provisionalmente la función de Organista de Irun es aceptada por Juan Antonio Prol y una de las últimas ocasiones en que las actas se referirán a Juan Antonio Prol en calidad de Organista de Irun es en relación a la celebración de la Misa mayor en julio de 1860.