Las relaciones de Prol con el Ayuntamiento en 1859 no parecen pasar por el mejor momento debido a una ausencia no permitida del Organista así como los insultos vertidos por éste hacia el Alcalde y uno de los concejales de la corporación, José Joaquín Olazábal, el cual aprovecha el agravio sufrido para recordar el carácter interino de la plaza de Juan Antonio Prol y que el verdadero poseedor legítimo de dicha plaza era Agustín Echaide. Por todo ello, el Consistorio acuerda dirigirse a Echaide por carta el 10 de marzo de 1859 para preguntarle si después del Convenio de Vergara ha efectuado alguna reclamación con el fin de recuperar su antiguo puesto.
La falta disciplinaria cometida por Juan Antonio Prol ha servido de excusa, como acabamos de ver, para plantear en abril de 1859 la rescisión del contrato de Prol y la posible vuelta como Organista de Agustín Echaide, el cual, el 1 de abril de aquel año remite una carta desde la ciudad francesa de Mont de Marsan a José Ignacio Orbegozo, Alcalde de Irun, informando que después del Convenio de Vergara intentó recuperar el puesto de Organista pero el Alcalde de aquella época (a la sazón, Miguel Camino) le negó esta posibilidad. Once días después envía una segunda carta al Consistorio solicitando su regreso a su anterior puesto, propuesta que causa una profunda división entre los partidarios de respetar la escritura otorgada a Prol (aún vigente) y los que, con el Alcalde al frente, opinan que Echaide tiene derecho a retomar su antigua responsabilidad musical en Irun, postura apoyada por uno de los abogados consultados, el cual "está en su derecho el citado Echaide al pretender se le permita volver a servir dicho destino dejando sin efecto la escritura de treinta de julio de 1857 otorgada a favor de don Juan Antonio Prol que no puede tener sino el carácter de interino". Un grupo de concejales, sin embargo, son de la opinión de que "no puede despojársele a Prol ni reponer al señor Echaide en la plaza que solicita hasta tanto que se cumpla el término prefijado en la última escritura". Finalmente tras la correspondiente votación se impuso por nueve votos a cinco la opción favorable a Echaide, quien "tiene derecho a que se le reponga en la plaza de Organista de esta villa... y se acordó dar posesión al señor Echaide a las ocho horas del día de mañana de la plaza de Organista de esta villa" (Archivo Municipal de Irun: Acta de 11-4-1859, vol. 92, fol. 19v-20v).
Al mismo tiempo que se recibía la carta de Echaide, Juan Antonio Prol se dirigía a su vez al municipio de Irun para defender sus derechos. El día 12 de abril de 1859, Agustín Echaide es repuesto en su cargo de Organista de Irun, 22 años después de haberse visto obligado a abandonar el puesto. Al acto, celebrado en el coro de la Iglesia Parroquial de Santa María del Juncal a partir de las ocho de la mañana, asisten el Alcalde irunés, José Ignacio Orbegozo, el Concejal José Joaquín Olazábal, y el Secretario, en representación del Ayuntamiento, además del propio Echaide. Una vez leído el acuerdo municipal de restituir en el cargo a Echaide así como la protesta emitida por Juan Antonio Prol y su intención de recurrir dicho acuerdo, Echaide "abrió en el acto el órgano y tocó en el acto varias piezas e hizo otras señales y actos de verdadera y legítima posesión de Organista de la Iglesia Parroquial de esta villa".
Sin embargo, la respuesta de Prol surtió efecto: al día siguiente de la toma de posesión de Echaide, el Gobernador Civil de la provincia de San Sebastián solicita explicaciones al Ayuntamiento de Irun y ordena paralizar la posesión de la organistía por parte de Echaide. La respuesta del Ayuntamiento al Gobernador no se hace esperar y contesta con un amplio informe exponiendo las razones que le han impulsado a tomar la decisión de desposeer a Prol, remitiéndose al artículo 96 de las ordenanzas que trata sobre la forma de provisión de la plaza de órgano. Al no haber mediado ningún tipo de oposición previa, la actual corporación considera que Prol está ocupando la plaza de Organista de forma interina; si a ello añadimos que la posesión de Echaide era vitalicia, que éste no había renunciado formalmente a la plaza y que Prol había cometido graves faltas de disciplina, el Ayuntamiento había llegado a la conclusión de "promover su separación y la reposición del organista propietario". Entre dichas faltas se cita la ya tratada ausencia de Irun "sin siquiera dejar algún sustituto que hubiese sus veces, de manera que no asistió a misa mayor, en cuya celebración fue muy notada su falta, el coro no pudo cantar con concierto y fue todo esto una cosa que dio mucho que hablar en el público". Por último refiere el Consistorio el dictamen favorable de dos abogados. Esta contestación, lejos de contar con la unanimidad del Consistorio, no será compartida por varios concejales, como se desprende del acta municipal del 24 de abril de 1859.