Agustín Echaide tuvo que abandonar forzosamente su puesto de Organista titular de Santa María del Juncal en mayo de 1837, como resultado del asalto de Irun por tropas inglesas durante la Primera Guerra Carlista y ser hecho prisionero. Como consecuencia de ello, Juan Antonio Prol solicitó la plaza de Organista, petición que fue aceptada por el Ayuntamiento el 11 de septiembre de 1837. Al cabo de pocos días, Prol volvió a dirigir un memorial al Consistorio irunés inquiriendo la dotación económica de su plaza como Organista. Al mes siguiente, recibió cumplida contestación a su memorial, fijando en 1305 reales de vellón su sueldo como organista.
Después de dos años desempeñando interinamente la plaza de Organista de Santa María del Juncal, Juan Antonio Prol solicitó que se le otorgara la posesión de la plaza en propiedad "en atención a sus méritos y servicios". Contraviniendo la costumbre de proveer la plaza mediante la pertinente convocatoria y correspondientes ejercicios de oposición, el Ayuntamiento acordó concederle a Prol la citada posesión, argumentando la adhesión de Prol "a la causa del trono constitucional" y a las "persecuciones inauditas" que ha padecido. También se alude al hecho de haber servido la misma plaza entre los años 1817 y 1823, año este último en que Echaide ganó la oposición.
A pesar de que se prorrogó la interinidad de Prol, no faltaron candidatos que se interesaron por la organistía de Irun: es el caso del vergarés León Vidaburu, quien desde Bilbao se ofrece el 28 de agosto de 1839 al Consistorio irunés para ejercer el cargo de Organista, pues "ha llegado a entender se halla vacante la plaza de organista de la parroquia de esa villa y aspira a obtenerla". Destaca Vidaburu entre sus méritos el poseer conocimientos de canto, su formación con el maestro de la Catedral-Basílica de Bilbao así como su adscripción política ("El afecto del exponente a la causa de la reina") y el haber sido uno de los defensores de Vergara en septiembre de 1834 y de San Sebastián en junio de 1835. Incluso está dispuesto Vidaburu a desempeñar el cargo de forma interina. Sin embargo, tal como vimos anteriormente, Prol se había adelantado. Como puede observarse, la postura política que adoptan los músicos durante la época de la Primera Guerra Carlista (1833-1840) y su participación activa a favor del bando realista o cristino (denominado así por su apoyo a la reina regente María Cristina de Borbón-Dos Sicilias) o del bando carlista es aducido como un mérito añadido a la preparación o experiencia puramente musical, pudiendo ser determinante a la hora de obtener un puesto de trabajo remunerado.
Aunque el Ayuntamiento abonaba a su Organista la parte principal de su salario, otra parte era devengada por la propia iglesia de Santa María del Juncal. Dadas las dificultades económicas por las que en algunas ocasiones atravesaba la Iglesia de Santa María del Juncal, no siempre era posible que la mencionada iglesia pudiese cumplir con sus compromisos o bien se produjeran retrasos en los pagos, tal como ocurre en marzo de 1841. Por todo ello, Prol recurre al Ayuntamiento para que el Mayordomo de la fábrica de Santa María del Juncal, a la sazón José Joaquín de Olazábal, le abone los atrasos, que ascienden a la nada despreciable cifra de 907 reales. Al poco tiempo, el Mayordomo de la Iglesia Parroquial de Irun contestó positivamente a la reclamación de Prol el 17 de marzo de 1841.
El estado del órgano de Santa María del Juncal vuelve a ser motivo de preocupación, por lo que, al igual que ocurriera durante los magisterios de Balzola y de Echaide, Prol solicita la urgente reparación de los fuelles a comienzos de marzo del año 1842. Una vez efectuada la reparación de los fuelles, el coste de ésta ascendió a la cantidad de 110 reales.