Goi Mailako Irakaskuntza Zentroa den aldetik, ikasleak gizarte demokratiko batean herritar aktibo gisa prestatzea da bere misioa; horretarako, prestakuntza etorkizun profesionalera bideratu behar da eta pertsonalki garatzeko gaitasuna eskuratzeko prestatu behar dira ikasleekin. Horrez gain, jakintza aurreratuko oinarri sendo bat sortu eta mantendu behar da, ikerketa eta berrikuntza sustatzearekin batera.
Hauek dira Nafarroako Goi Mailako Kontserbatorioaren helburu nagusiak:
- Kualifikazio handiko musikako profesionalak prestatzea honako esparruotan: pedagogia, konposaketa, interpretazioa eta ikerketa. Esparru horietan guztietan garapen-pertsonal maila egokia erdietsiz musika klasikoaren, tradizionalaren eta modernoaren barnean. Prestakuntza maila handia izanik teknikoki, teorikoki eta humanistikoki so.
- Ikasleen ahalmen artistikoa garatzea, haien prestakuntza humanistikoa zainduz. Horretarako, marko teoriko eta kontzeptuzkoa eskainiz, bertan nahasten diren prozesu kulturalei buruzko ikuspegi kritikoa eskuratzea ahalbidetuko diena. Eta musika adierazpen anitzen sortzaile eta hedatzaile izatea, sormenaren eta berrikuntzaren ernamuin modura. Horrez gain, gizartearen testuinguruak eska ditzakeen beharrizanak barneratu eta aseko dituen musika, arte eta kultura arloko jarduera garatzea.
Goi-ikasketa artistikoak, zehatzago esatera, Musika arloko Goi Mailako ikasketak, ematen dituen Foru Erkidegoko zentro bakarra da. Nafarroako Foru Erkidegoko musikaren jardunean inplikatuta dago orokorrean eta Iruñeko hirian bereziki. Hori agerian geratzen da maiz antolatzen diren jarduera eta kontzertu publikoei so.
AEC elkarteko (Association Européenne des Conservatoires, Académies de Musique et Musikhochschulen) eta ACESEA Goi-ikaskuntza artistikoetako Zentroen Elkarteko kide da. Nafarroako Unibertsitate Publikoarekin eta Nafarroako Orkestra Sinfonikoarekin lankidetzarako eta prestakuntzarako hitzarmenak sinatu ditu.
2009an Kontserbatorioak lehen Urrezko domina banatu zuen, hain zuzen, Iruñeko Kontserbatorioko konpositore eta zuzendari ohiari: Pascual Aldave.