2002ko martxoaren 27an eta 7/2002 FORU LEGEaren arabera Nafarroako Goi Mailako Musika Kontserbatorioa sortu zen. Lege berak arautzen du Nafarroako Musikako goi-ikasketen ezarpena, LOGSE planarekin bat etorriz.
Nafarroako Goi Mailako Musika Kontserbatorioa Pablo Sarasate Kontserbatorio Profesionalari lotuta sortu zen, 1990ean sortutako Pablo Sarasate Goi Mailako Kontserbatorio zaharraren lekukoa hartuz.
389/1992 Errege Dekretuak graduak banatzea ekarri zuen. Hala, ikasketa horietako erdi mailako eta goi mailako ikasleak aparte hartzeko premia planteatu zen. Artearekin lotutako goi-ikaskuntzatan gutxieneko baldintza batzuk ezarri nahi ziren "gainerako goi-ikaskuntzatan eskatzen direnarekin koherenteak".
2003ko abenduan erdi mailako Kontserbatorio Profesionala Kale Nagusian kokatutako Teresarren eraikinera mugitu zen. Horrenbestez, Nafarroako musika ikaskuntzako erdi maila eta goi maila bereizita geratu ziren.
2002-2003 ikasturtean musikako goi-ikasketa berriak emateari ekin zitzaion. Ohiko espezialitateei beste hiru gaineratu behar zaizkie ordutik: Pedagogia, Musikologia eta Jazz. Nafarroa Jazz musikako goi-ikasketak ematen dituzten lehen erkidegoen artean kokatu zen. Ikasle eta musikari profesional askok jotzen dute hara, espezialitate horretako goi mailako titulua eskuratzeko aukera aprobetxatzeko.