Como centro de Enseñanza Superior, su misión es la preparación de los estudiantes como ciudadanos activos en una sociedad democrática; formándoles para su futuro profesional y capacitándoles para su desarrollo personal. Además, la creación y conservación de una extensa base de conocimiento avanzado; y el fomento de la investigación y la innovación.
Los objetivos prioritarios del Conservatorio Superior de Navarra son:
- La formación de profesionales de la música altamente cualificados en los campos de la pedagogía, la composición, la interpretación y la investigación, buscando en todos los campos mencionados el grado óptimo de desarrollo profesional en las áreas de la música clásica, la tradicional y la moderna, dotándolos de altos niveles de formación técnica, teórica y humanística.
- El desarrollo del potencial artístico de los estudiantes, velando por su formación humanística, ofreciendo un marco teórico-conceptual que les permita adquirir una visión crítica sobre los procesos culturales que lo implican. Y actuando como generador y difusor de la pluralidad de expresiones musicales, como germen de creatividad e innovación, desarrollando además una actividad musical, artística y cultural que integre y satisfaga las necesidades que el contexto social pueda demandar.
Es el único centro de la Comunidad Foral que imparte las enseñanzas superiores artísticas, en concreto el Grado Superior de Música. Está totalmente involucrado en la actividad musical de la Comunidad Foral Navarra en general y de la ciudad de Pamplona en particular, hecho que se refleja a través de sus frecuentes actividades y conciertos públicos.
Es miembro de la AEC (Association Européenne des Conservatoires, Académies de Musique et Musikhochschulen) y de la Asociación de centros de Enseñanzas Superiores Artísticas ACESEA. Ha firmado convenios de colaboración y formación con la Universidad Pública de Navarra y la Orquesta Sinfónica de Navarra.
En el año 2009 se entrega la primera Medalla de oro del Conservatorio, al compositor y exdirector del Conservatorio de Pamplona: Pascual Aldave.