Escuelas y colegios. Las raíces primeras de la instrucción pública arrancan de la predicación religiosa y enseñanza del catecismo que se hace en lengua vernácula, en euskara. En Navarra empieza antes que en Guipúzcoa debido a su calidad de reino y a sus monasterios de los siglos XI y XII. El siglo XVI puede señalarse como el momento clave en que se incuba y surge la enseñanza pública guipuzcoana. Paralelamente municipios y órdenes religiosas se preocupan de ella bien contratando maestros o fundando colegios. Una de las más antiguas escuelas municipales es la de Rentería que existía ya en 1523. Se suele señalar como pionero el primer colegio de los jesuitas fundado en Oñate durante la época ignaciana por el P. Araoz, colegio que en 1593 vemos trasladado a Vergara. L. Silvan ha recogido datos precisos sobre las escuelas guipuzcoanas citando la de Villafranca de Ordizia (1538), Tolosa (1556) con tres maestros, Azpeitia (1558), Elgóibar (1560), Hernani (1564), Pasajes (1581), Mondragón (1582), Oñate (antes de 1593) y Azcoitia (1599). Del siglo siguiente son las de Legazpia (1614 y 1626) y Zumaya (1652). Se supone que los franciscanos llevaron a cabo funciones docentes desde 1617. Cuando comenzaba el tercer decenio del siglo XVIII -sigue Silván-, la Administración foral, tras el examen de un memorial presentado por Martín de Ceberio, Alcalde de los Concejos de Lazcano y Olaberria, y por acuerdo recaido sobre el contenido de dicho memorial en las Juntas Generales de la Provincia reunidas en Rentería en 1721, dispuso que en todos los pueblos, sin excepción, fuesen nombrados maestros que regentasen las escuelas públicas de aquéllos. Seguramente, a consecuencia de esta orden, iniciaron su funcionamiento varios centros escolares, conociéndose diversas informaciones acerca de los que hubo en Beasain (1730), Elgueta (1749), Lazcano (1767), o quizá anteriormente, y Aya (1784) siendo probable asimismo que los tuviese Oyarzun y que existieran en otras agrupaciones urbanas y rurales -pero no en todas-, aunque no nos hayan llegado noticias de su labor. Se sabe que a principios del siglo XIX, a pesar de las citadas disposiciones de 1721, carecían de escuelas públicas veinte pueblos guipuzcoanos entre los que figuran Cegama, Cerain, Idiazábal, Mutiloa y Olaberría. En cuanto a los centros de enseñanza media (Artes, Gramática, Latinidad y Teología) se destacaron las regentadas por jesuitas como la de Vergara (1630), Azcoitia (1732), la de Tolosa fundada en 1575 por legado del Bachiller Zaldibia y otra, también en la misma villa, creada por D.ª Isabel de Idiáquez, viuda del almirante Recalde (1612). Otro centro escolar se fundó en Mondragón, en 1582, gracias a la donación hecha por D. Juan de Araoz. Y, aparte de estas fundaciones, habría que citar becas de estudio instituidas y costeadas por particulares como la del Capellán de Granada D. Domingo de Beaterbide (Tolosa, 1540), del Inquisidor D. Juan Ignacio de Obiaga (Placencia de las Armas, 1780-1784) y la instituida en Motrico por el Contador Mayor de Lima D. Domingo de Garro. Se comprenderá, entonces, que este movimiento escolar de los siglos XVI, XVII y XVIII promovido por la Iglesia, los municipios y los particulares constituyera la base sobre que edificar la enseñanza superior como ocurrió con la fundación de la Universidad de Oñate en 1539. (Ref. Silván, Leandro. Las reales sociedades económicas de Amigos del País y su obra, San Sebastián, 1972, pp. 147-160).
Real Seminario patriótico de Vergara. Los Amigos del País lo crearon en 1767. Comenzó con diez alumnos, seis de Vergara y cuatro de Azcoitia. Coincide esta actividad fundadora con la expulsión de los Jesuitas. El año 1769 Carlos III concedía a la Sociedad el colegio que la Compañía poseía en Vergara y que subastado públicamente no tuvo postores. De esta forma se adjudicó al Seminario bibliotecas, aposentos, menaje, casa contigua y una dotación de 4.614 reales. De todos modos el Seminario inició el curso el 4 de noviembre de 1776. Este centro, sin titularse Universidad, llegó quizá a ser más que eso, como asegura Arocena, un verdadero Instituto de Investigaciones Científicas, anticipándose a su tiempo. La visión panorámica de los estudios cubría todo el abanico universitario de enseñanza general y particular: religión, primeras letras, gramática, humanidades, matemáticas y física experimental por un lado y comercio, arquitectura, agripericia, química, mineralogía y metalurgia por otro. Completando este espléndido panorama las "Habilidades" música y baile. El 1786 tenia ya 130 alumnos y en 1792 unos cien. Desde 1787 sus estudios adquirieron validez oficial para todo el Reino. Este florecimiento se cortó en 1794 con la invasión de las tropas francesas de Moncey, cuando ocuparon Vergara. Comentando y resumiendo este despertar científico guipuzcoano, dice Arocena que lo cierto es que en Vergara se montaron gabinetes y laboratorios que no se habían visto en las Universidades clásicas y, lo que es aún mejor, se trajo a los científicos de más boga en el extranjero: Proust, Tunborg, Chabaneau y otros. Los de aquí -sigue Arocena- se contagiaron de la nueva ciencia, y los hermanos Juan José y Fausto Elhuyart consiguieron aislar el wolframio, elemento químico que ha tenido una gran importancia en el desarrollo de las ciencias químicas. Fue también Elhuyart y no Chabaneau quien con ayuda de otros elementos como el Marqués de Narros llegó a descubrir un procedimiento de hacer maleable el platino contenido en la platina americana. Después de la invasión de los convencionales la vida del Seminario fue precaria y pobre. Reabierto de 1798 a 1804 como Seminario de Nobles, reemprendió su vida como Liceo Bascongado en 1810. La primera guerra carlista trajo su decadencia siendo convertido en Instituto de segunda enseñanza en 1841 para acabar regentado por los dominicos desde 1880.
Universidad de Oñate. Por testamento otorgado en 1533, el obispo D. Rodrigo de Mercado y Zuazola funda en su villa nativa la famosa Universidad de Oñate. El obispo concertó un acuerdo con la villa por el cual se comprometía a sostener económicamente a la Universidad y la villa a abrir los cimientos del edificio y acarreo de materiales. En 1545 se abrieron sus cátedras para la enseñanza pública. Se comenzó explicando Leyes, Filosofía y Cánones. En el siglo XVIII decayó notablemente hasta el punto de que en 1767 sólo había cuatro cátedras. En 1772 se aumentaron en ocho para la explicación de Lógica, Filosofía Moral, Instituciones Civiles, Digesto, Código, Cánones y Derecho Eclesiástiaco. Se le permitía el otorgamiento de títulos de bachiller en leyes pero no de doctorado como se había venido haciendo. En 1777 las Juntas Generales de Guipúzcoa y el Claustro consiguieron aumentar cuatro cátedras más para que el rey otorgara el permiso de títulos doctorales. Los nuevos temas eran Derecho Público, Leyes Recopiladas, Concilios, Derecho Natural y de Gentes y Derecho Español. En 1815 las tres provincias de Alava, Guipúzcoa y Vizcaya acordaron dotarle con una nueva cátedra. Fue suprimida finalmente por una orden dada por el Duque de la Victoria en 1842. Reabrió sus puertas de forma efímera en 1869 cerrando debido a la II Guerra carlista. En 1896 fue autorizada a abrir impartiendo de forma oficial clases de Fil. y Letras, Derecho y Notariado, bajo la férula de la Universidad de Zaragoza. Es cerrada en 1901.