Valençay D. Fernando eta Escoiquiz Bourges-en giltzapeturik, Euskal Herria Jose I.aren gobernuaren mende geratu zen, eta Iberiar Penintsulako lau probintzietako agintari zibil eta erlijioso guztiek men egin zioten (Bizkaiko Diputazioa 1808ko maiatzaren 31n, Calahorrako gotzaina ekainaren 9an, adibidez). Baina Madrilgo maiatzaren 2aren eraginak eta, bereziki, uztailaren 19an Bailenen Jose I.aren porrotak laster hartuko dute herrialdea. Bizkaiko altxamendua Rafael Tomas Menendez de Luarca Santanderreko gotzaina buru duen iparraldeko altxamendutik elikatuko da, maiatzaren 26an, eta kleroaren funtsezko laguntza izango du, batez ere erregularra. 1804an gertatu zen bezala, kontrolik gabeko zohikatz batek ordezkatu zituen Jaurerriko agintariak, abuztuaren 6an Fernando VII.a absentea aldarrikatu zuen Gobernu Batzorde Gorena legitimatuz, eta Bilbon bizi ziren frantziarrak atxilotu eta tratu txarrak eman zizkien, ustezko jarraitzaileekin batera. Erlijio katolikoaren, espainiar aberriaren eta "erlijioski errespetatuak diren jabetzen" izenean (abuztuaren 6ko Bizkaiko aldarrikapena), Euskal Herrian hasten da, gero historiografiak "Independentzia Gerra" bezala izendatuko duena, hil bereko 27an Nafarroako Diputazioa gehitzen zaiona. Bitartean, Napoleonen egitasmoa, zazpi euskal probintziak batzekoa, zapuztu egingo da. Proiektu hau, 1806tik aurrera, Godoy eta Karlos IV.aren enperadoreekin lotutako giro diplomatikoetan agertzen da. Behin liskarrak apurtuta, aukerak desagertu egiten dira eta egoera polarizatuta geratzen da Jose I.aren aldeko gutxiengo ilustratuaren eta Fernando VII.a aldarrikatzera behartuta dagoen gehiengoaren artean. Gehiengo horretan, kleroarekin eta absolutismoarekin batera, etorkizuneko euskal liberalismoa ere ikus daiteke, horren zati bat Cadizen ordezkatuta.