Los orígenes de la Cofradía de Álava se encuentran probablemente en los denominados en la documentación de fines del XI y comienzos del XII como "barones de Álava" o "milites alavensibus". Todo parece indicar que desde estos momentos estamos en presencia de un colectivo nobiliario con determinadas atribuciones sobre el espacio alavés y sobre el conjunto de sus habitantes, aun que de esa hidalguía rural ya comienzan a descollar algunas familias -Piérola y Mendoza-.
A partir del siglo XIII es posible conocer su organigrama de funcionamiento. A la cabeza de la Cofradía se encontraba el Señor, teóricamente elegido por los cofrades alaveses. Este ejercía el Señorío en nombre de la misma y contaba con atribuciones jurisdiccionales, fiscales y de defensa sobre el territorio donde los hidalgos alaveses tenían solares y propiedades. Ello no significó que dicho cargo recayera en la nobleza local, pues, desde la segunda mitad del siglo XIII y hasta finales del primer tercio del siglo XIV, fue ocupado por infantes reales o por descendientes de los prestigiosos linajes castellanos de los Lara, Haro y Cameros, como bien se reconoce en la Crónica de Alfonso XI.
El Señor normalmente actuaba a su vez de acuerdo con los cofrades alaveses, es decir, con su consentimiento, a tenor de algunas de las solicitudes dirigidas a éstos por particulares y refrendadas posteriormente por aquél.
Por otra parte la Cofradía disponía de un alcalde propio, nombrado por el Señor, que necesariamente debía de ser hidalgo. La cofradía acabó siendo controlada por los grandes linajes de la "Álava nuclear". Esta durante los siglos XI a comienzos del XIV fue por excelencia el territorio de los señores alaveses -nobles en el sentido amplio del término en función de las distintas categorías existentes (ricoshombres, hidalgos, etc. )-, cuya propiedad eminente sobre numerosas tierras trabajadas sobre todo por labradores usufructuarios y su Señorío personal sobre sus respectivos collazos les convirtieron en dominadores de todo un espacio conformado por multitud de células de poblamiento distribuidas a lo largo y ancho de su geografía.
En 1332 los señores alaveses decidieron disolver la Cofradía a cambio de una serie de contraprestaciones dando origen a un nuevo marco jurídico-administrativo en la Zona. Se trató, en cualquier caso, de un auténtico Señorío con un fuerte carácter colectivo de índole nobiliar.
El Señorío de Vizcaya es el exponente más espectacular de la importancia de este tipo de instituciones en el País Vasco.
Sus orígenes posiblemente se puedan retrotraer al siglo XI en el Reino de Pamplona. Los Señores de Vizcaya hasta 1379, salvo coyunturas puntuales, fueron miembros de la Alta Nobleza de la Corona de Castilla. En el siglo XIII el Señorío fue patrimonializado por la familia de los Haro. Las relaciones de vasallaje de éstos para con la monarquía castellana fueron consustanciales a su propio funcionamiento. A su vez los vizcaínos, en particular los Parientes Mayores y las oligarquías de las nuevas villas, establecieron relaciones vasalláticas con sus Señores, a los que juraban obediencia en unos actos protocolarios realizados al efecto con un alto contenido pactualista.
A partir de 1379 serán los propios reyes castellanos los señores de Vizcaya. Los señores entregaron a no pocos de estos parientes mayores distintas rentas y derechos a cambio de los servicios prestados y de la lealtad manifestada. El Señor representaba el supremo poder en Vizcaya, pero para el funcionamiento de su sistema de administración hizo dejación de algunas de sus prerrogativas en favor de los Parientes Mayores y de los concejos urbanos.
El Señorío se desenvolvió más plenamente en la Tierra Llana (Merindades y Anteiglesias), mientras que en las villas comenzaron a aparecer prontamente nuevas realidades jurídicas y sociales modificando los caracteres originarios del Señorío. No obstante el Señor se reservó hasta muy avanzada la Edad Media los recursos últimos de apelación a las sentencias judiciales de los alcaldes de las villas o de los alcaldes de Fuero, asimismo el nombramiento de los prebostes de las villas y de otros oficiales de la Tierra Llana (Merinos y Prestameros), posteriormente de los Corregidores. En definitiva los instrumentos de poder y mando de los Señores de Vizcaya en el Señorío descansaron en sus atribuciones fiscales, militares y judiciales, en su capacidad para nombrar una serie de oficiales con los que llevar a cabo su política y en la facultad de que disponían para fundar villas o promover iniciativas legislativas.