En marzo de 2006, Eusko Ikaskuntza nombró al historiador Aingeru Zabala como nuevo director de la RIEV. Con él se iniciaba la cuarta, y hasta el momento última, etapa de la revista decana de ciencia y cultura vascas.
A reservas de un análisis que requiere de mayor perspectiva en el tiempo, un elemento formal marca esta nueva fase: la aparición, en el seno de la misma RIEV, de los Cuadernos, números singulares, sin periodicidad preestablecida, cuyo objetivo es aligerar a la revista de los números monográficos y de las necesidades derivadas de eventos o efemérides especiales.
Por lo demás la RIEV, cuya imagen fue ligeramente renovada, conserva la misma estructura interna, y tanto en sus objetivos como por sus contenidos pretende continuar la trayectoria señalada desde 1907: se trata de una revista generalista de estudios vascos, escrita en su mayoría por vascos y que acoge trabajos de autores extranjeros que abordan en sus artículos cuestiones que afectan o interesan a la sociedad vasca en general.
En abril de 2007, diversos actos recordaron el primer centenario de la RIEV. Con tal motivo, la totalidad de la colección desde 1907 a 2006 se puso en Red para su libre consulta en la web de Eusko Ikaskuntza - Sociedad de Estudios Vascos y en la de la Fundación Euskomedia de Eusko Ikaskuntza. En total suman 30.171 páginas y 2.304 artículos, en cuyos contenidos es posible bucear por medio de buscadores.