Los países no son esencias sino construcciones históricas, devenires. Como en toda Europa, la historia política de vascos y navarros durante la Edad Moderna no se puede entender desde los conceptos contemporáneos de Nación o de Estado, sino más bien en términos de adscripción a las comunidades políticas que existían entonces, como las comunidades locales o los reinos y provincias, en la medida en que estas se fueron construyendo. Cuando llegan a la Edad Contemporánea, las provincias vascas o el reino de Navarra constituían comunidades políticas diferentes que se habían ido vertebrando como tales a lo largo de la Edad Media y de la Edad Moderna, en el marco de las monarquías europeas. Aquella construcción de las provincias supuso un largo proceso de integración de comunidades locales de muy diversa índole en el seno de unidades políticas superiores y constituyó el proceso político más significativo de la Edad Moderna.
Cada reino o provincia se fue configurando no como una unidad política homogénea, sino como un agregado de villas, valles, aldeas y corporaciones de todo tipo, cada una de las cuales mantenía su particular constitución, con una gran pluralidad de jurisdicciones, leyes particulares y poderes concurrentes.
Desde la Edad Media, a las primitivas comunidades de la "tierra llana" se habían ido superponiendo las villas, los señoríos y la Iglesia, con sus jurisdicciones e instituciones. Las villas, de fundación real o señorial, se regían por un derecho propio y estaban en la órbita de la jurisdicción real o señorial. En los señoríos de Álava y de Navarra, el señor tenía derecho a ejercer justicia e intervenía en la elección de alcaldes. La Iglesia ejercía su jurisdicción en las diócesis y vicarías. También las corporaciones (gremios, cofradías) regulaban espacios de poder con una influencia nada desdeñable, como el Consulado de comerciantes de Bilbao o la cofradía de Santa Catalina de San Sebastián.
Sobre este entramado se superpusieron las instituciones de la provincia, del señorío o del reino y, por encima, las de la Corona de Castilla, con sus representantes: virrey en Navarra, corregidores en Guipúzcoa y Vizcaya, y Diputado general en Álava. El vínculo de estas comunidades con el rey era una relación contractual que comprometía a ambas partes: ellas reconocían el poder arbitral del monarca y éste velaba por el respeto de los fueros de cada una de ellas. El "pase foral" y la "sobrecarta" eran los procedimientos utilizados por estas comunidades para controlar que las disposiciones reales no contrariaran los fueros.
A lo largo de la Edad Media, las comunidades locales se habían ido vertebrando en unidades políticas mayores a través de conquistas o pérdidas territoriales, vinculaciones de territorios a una entidad política mediante el mayorazgo, la reordenación del espacio en torno a las villas, núcleos dotados de fueros y jurisdicción, los pactos entre poderosos, las hermandades de comunidades, etc.
La construcción de los diferentes cuerpos políticos forales varió tanto en el ritmo como en los resultados. El reino de Navarra alcanzó en fechas muy tempranas una configuración política como reino, con una organización institucional compleja y elevada. Las provincias de Guipúzcoa y Álava se formaron en torno a la Hermandad de sus villas y concejos, agrupados para defenderse de los malhechores y banderizos, y fueron cuajando política y territorialmente desde el siglo XIV o el XV. En el Señorío de Vizcaya el proceso fue lento y complicado, retrasándose por el clima de violencia social y la división territorial.
La construcción política y territorial de las provincias se apoyó en dos elementos importantes, la formación de un derecho foral y las juntas territoriales.
La constitución progresiva de un armazón jurídico foral fue un elemento esencial de aquel proceso. Los fueros de cada provincia recopilaban un corpus jurídico muy variado, compuesto por elementos del derecho consuetudinario, por los fueros y privilegios concedidos por el monarca, los cuadernos u ordenanzas de Hermandad, los capitulados de concordia, los acuerdos de las Juntas o de las Cortes, las reales cédulas o provisiones referidas al ordenamiento foral, la jurisprudencia de las audiencias y chancillerías, etc. Todos estos textos fueron ampliando y precisando el campo del derecho foral privado y público, diferente según los territorios, y a ellos se añadían los usos y costumbres que regulaban muchos aspectos de la vida cotidiana y de la esfera institucional.
Un sistema de asambleas y juntas corporativas constituía el entramado institucional. El gobierno local de las villas y aldeas evolucionó de forma significativa a lo largo de estos siglos, pasando del concejo abierto de vecinos al concejo cerrado o gobierno mediante regimiento. Esto se produjo primero en las grandes villas, desde finales de la Edad Media, se extendió progresivamente a las villas medianas y pequeñas, y se impuso definitivamente en las aldeas en el último tercio del siglo XVIII. Las villas se regían por sus fueros y ordenanzas, gozaban de autonomía jurisdiccional, elegían a sus autoridades y su alcalde ejercía la justicia ordinaria local. En cambio, la mayor parte de las aldeas o anteiglesias de los valles cantábricos se gobernaban mediante el derecho consuetudinario y la asamblea de los amos de las casas vecinales.
En las villas, las diversas corporaciones de mercaderes, mareantes, pescadores, ferrones y artesanos dirigían sus actividades mediante juntas como las de los consulados de comerciantes, cofradías de mareantes y pescadores, hermandades de artesanos o dueños de ferrerías mayores.
A escala más amplia, existían desde antiguo determinadas formaciones territoriales con asambleas propias que se mantuvieron con amplia autonomía en el seno de las provincias a lo largo de este periodo. En el señorío de Vizcaya, además de las villas y las anteiglesias de la Vizcaya nuclear, se integraban el Duranguesado, con sus Juntas de Merindad hasta 1876, y las Encartaciones, con las Juntas de Avellaneda hasta principios del sislo XIX. En Álava, las hermandades se agrupaban en seis cuadrillas. En Navarra, los valles pirenaicos de Salazar, Aezcoa, Roncal y Baztan se gobernaban por sus respectivas Juntas Generales.
La construcción política de las provincias o del reino se apoyó especialmente en el desarrollo de las Juntas Generales de cada provincia y de las Cortes del reino de Navarra. En las Juntas de Vizcaya, Guipúzcoa y Álava la representación se hacía por concejos o territorios, mientras que en las Cortes de Navarra por estamentos.
La constitución agregativa de estas provincias se concretó mediante el gobierno por juntas, esto es mediante reuniones de los representantes de las diversas comunidades locales. A lo largo de la Edad Moderna estas instituciones fueron cobrando mayor entidad. Al principio, en muchos casos los procuradores que asistían a ellas eran enviados por sus concejos con un mandato imperativo que limitaba sus decisiones, sin poderse apartar de ello a menos que se consultara al concejo de nuevo. Progresivamente se fue hacia una preeminencia cada vez mayor de las instituciones provinciales, mediante la negación del "mandato imperativo", el carácter vinculante de los acuerdos de las Juntas para todo el territorio, y el aumento de la tutela y vigilancia de las normas forales, aunque se mantuvo en buena medida la antigua organización autónoma de las comunidades locales.
A partir del siglo XVI, las provincias se consolidaron también por la acción de las diputaciones, órganos permanentes delegados por las Juntas periódicas para hacer efectivo el gobierno durante los intervalos entre las reuniones. A finales del siglo XVIII, y sobre todo en la primera mitad del XIX, la Diputación se impondría definitivamente como el verdadero gobierno de la Provincia, con un personal especializado y permanente, una fiscalidad reforzada y unas funciones centrales, acumulando una buena parte de las funciones que habían estado tradicionalmente en manos de las comunidades locales.
En la práctica, la articulación de tan diversos elementos territoriales, sociales y corporativos en el seno de cada provincia era compleja y requería un marco de relaciones flexible con las diferentes comunidades y corporaciones. Aunque éstas se articulaban, en principio, en las instituciones de la provincia, habitualmente era necesario buscar el entendimiento mediante negociaciones y acuerdos entre las diferentes instancias corporativas, o mediante "conferencias" entre las partes implicadas para superar discrepancias o para tratar temas de interés común.
Aquella pluralidad de jurisdicciones fue una fuente continua de litigios, de tal modo que la discrepancia y la concurrencia entre instituciones se resolvía frecuentemente por la vía judicial. Además de los tribunales señoriales y eclesiásticos, las provincias y los reinos poseían sus propios tribunales superiores. En el reino de Navarra, la Cámara de Comptos, la Corte Mayor y, en apelación, el Consejo Real de Navarra, tribunal de máximo rango. En Guipúzcoa y Vizcaya, las audiencias del corregidor o del corregidor y diputados. En Álava, el tribunal para los casos de Hermandad, formado por el Diputado general y los consultores. Para las apelaciones, las tres provincias se dirigían a la Chancillería de Valladolid (donde el Señorío de Vizcaya poseía su sala particular y Juez mayor, que juzgaba según el fuero de Vizcaya) y, en último recurso, al rey y sus consejos, especialmente el Consejo de Castilla. Las sentencias de estos tribunales fueron un elemento importante del ordenamiento foral.
Las provincias y las villas principales tenían agentes de negocios en la Chancillería de Valladolid y agentes comisionados en Corte para mover sus asuntos. Sin embargo, el éxito de las negociaciones dependió muchas veces de la mediación en la Corte de personajes influyentes originarios del país. A lo largo de estos siglos, y especialmente en el XVIII, hubo en la Corte poderosos lobbies de navarros, vizcaínos, encartados o guipuzcoanos, muy encumbrados en el gobierno de la monarquía, que actuaban como valedores de sus comunidades para conseguir o defender sus privilegios.
Desde el siglo XVIII y sobre todo en las primeras décadas del XIX, el espacio y las instituciones provinciales se consolidaron. Las instituciones fueron creciendo y acaparando funciones, se consolidaron una administración y una fiscalidad provinciales, se desarrolló la red de caminos, y se impuso una élite que pretendía articular el espacio provincial por encima de lealtades locales o corporativas. Así mismo, en el siglo XIX se acentuaron las relaciones interprovinciales mediante conferencias de procuradores de Vizcaya, Álava y Guipúzcoa para resolver los conflictos entre las provincias o para tratar asuntos comunes como la conservación de los fueros.