Hijo de Teobaldo I y Margarita de Borbón, su primera actuación destacada en la vida pública, fue la época en la que fue infante de Navarra, al participar en la guerra de Gascuña de 1266. Posteriormente, su hermano Teobaldo II, le encomendó el gobierno del reino, al partir a la cruzada en 1269. A la muerte de su hermano, que no tuvo descendencia, Enrique se convirtió en el soberano de Navarra. En el plano internacional realizó una política de prudencia, orientada a una paz con los reyes de Castilla, en una época de guerra civil en este reino, y también con Inglaterra, entre otros aspectos con el objetivo de poder hacerse con el control del condado de Bigorra.
En el plano interior, impulsó las reformas ya iniciadas por sus antecesores, realizando una política que le facilitó el acuerdo y la colaboración de los diversos sectores privilegiados. En 1272 nació su primer hijo, llamado Teobaldo, que falleció el mismo año, al caer por una ventana del castillo de Estella, desde los brazos de su nodriza.
Falleció en Pamplona, al igual que su padre, el 22 de julio de 1274, dejando como heredera a su única hija, Juana, fruto de su matrimonio con Blanca de Artois.