Llegó al trono contando con 15 años de edad, por lo que su madre, Margarita de Borbón, asumió la regencia. Ese mismo año de 1353, se juntó la nobleza y burguesía navarras, con objeto de frenar el excesivo peso de la autoridad monárquica, consiguiendo que Margarita renunciara a la regencia a favor de un consejo formado por doce "buenos hombres". Este rey en su coronación en 1257, cambió la tradicional ceremonia de elevación sobre el escudo, por el rito de la unción y coronación, una costumbre sacramental que era practicada por los reyes de Francia.
Teobaldo marchó a tierras francesas en 1254 y regresó al año siguiente, poniendo en marcha un gobierno personal, que conllevó el fracaso de la liga de nobles y burgueses. En el plano de la administración, impulsó las medidas introducidas por su padre de reorganización siguiendo el modelo francés, destacando los cargos de senescal y gobernador. También asentó el sistema de merindades, desapareciendo por completo el antiguo sistema de tenencias. Con objeto de fomentar el comercio, asentó reformas monetarias ajustando el valor nominal de la moneda a su materia metálica y comprometiéndose a no batir más que una sola moneda en vida, práctica que a partir de entonces, juraron los posteriores reyes de Navarra.
Teobaldo II reivindicó los antiguos territorios navarros de Guipúzcoa y Álava, en manos de Castilla desde 1200. En el plano internacional, destacó la intervención navarra en Gascuña, el año 1266, contra el rey de Inglaterra. La guerra hizo que las tropas navarras se desplazaran hasta el norte de las tierras de Mixa, por el este hasta la propia Bayona, y por el este hasta Lourdes, ubicada en el antiguo condado de Bigorra. Se alcanzó una tregua en el mes de diciembre, que fue renovada en 1269.
En el aspecto cultural, bajo su reinado se concibió la creación de una Universidad en Tudela, pero el proyecto no fue llevado a la práctica. Al igual que su padre, fue uno de los principales promotores de una cruzada, en el caso de Teobaldo II, de la que hacía el número octavo, falleciendo en el transcurso de la misma, en Trapani (Sicilia) el 4 de diciembre de 1270.