A lo largo del siglo XVI, las connotaciones bajas de nuestro instrumento se afianzaron en gran medida. Algunos aspectos técnicos debieron ser importantes, y entre ellos especialmente los problemas de afinación, en una época en que la tendencia a tocar en grupos homogéneos se desarrolló espectacularmente. Algo similar ocurrió a nivel geográfico, desapareciendo esta práctica musical de muchos lugares de Europa. Aunque aparezcan en casi todos los tratados de organología del siglo XVII, la información que de ellos se ofrece es tan imprecisa que hace pensar, junto con otras referencias, que nuestros intérpretes de flauta y tambor quedaron reducidos al ámbito de la música popular y además sólo en determinados lugares.
Los datos que tenemos en Vasconia se incrementan considerablemente en este momento, y junto con ellos los primeros contratos que con estos músicos hacen los ayuntamientos. Y en el primer intento de hacer una historiografía desde el punto de vista vasco, el de Arnaud Oihénart realizado en 1638, con toda claridad se indica que nuestro instrumento se utiliza muchísimo entre los vascos, hasta el punto de que no se sirven apenas de otros instrumentos para sus bailes (1656: 140-141). Nuestros txuntxuneros, por tanto, eran ya en el siglo XVII los músicos más comunes en Vasconia.
Eso no quiere decir, por supuesto, que su nivel social fuera alto. Tomado como actividad profesional, trabajo manual y además uno de los más bajos entre los músicos, el de txuntxunero fue, entre otras cosas, una profesión que los agotes podían desempeñar. Lo cual resulta curioso si tenemos en cuenta que a los agotes no se les permitía compartir con otras personas esas mismas danzas que debían interpretar. Y, desde luego, es uno de los más claros exponentes del bajo nivel social de nuestros músicos.
Con todo, las danzas vascas fueron satanizadas en los procesos contra la brujería que tuvieron lugar en este siglo. En opinión del sanguinario cazador de brujas de Iparralde Pierre de Lancre (1613) las danzas vascas eran violentas y lujuriosas, y después de describir las culadas afirma que éstas eran, por ejemplo, señales del Diablo. Con las danzas francesas, por supuesto, no ocurría lo mismo, ya que eran honestas, serias y de movimientos más tranquilos. En este contexto, ver a nuestros músicos implicados en todos los procesos de brujería que conocemos no puede ser sorprendente. A veces daban con sus instrumentos la señal para el akelarre, a menudo tenían relaciones muy estrechas con las principales brujas, y siempre tocaban para sus danzas. Entre los acusados había incluso una mujer, la única referencia hasta el siglo XX de una txuntxunera, y el caso más grave fue el del txuntxunero de Anocíbar, Miguel de Xubiri, muerto en el garrote en 1575.