Hidrográficamente, y a pesar de su extensión, la Sierra de Aralar apenas si tiene importancia. El río Oria recoge las aguas de algunos arroyos que descienden de sus cumbres, siendo el principal el de Aritzaga cuyo nacimiento se puede fijar en la fuente de Pardelutz. En el interior, hay dos riachuelos principales que recorren la pradera; el primero de ellos desagua por la cascada de Muitze hacia el pueblo de Amézqueta, mientras que el segundo se sume en tierra, en el Unako'ko putzua, en el centro de las praderas de Unaga, formando una balsa que sirve de abrevadero a las ovejas. Merece citarse la resurgencia del río Larraun en Iribas, posible afloramiento de las aguas sumidas en la zona de Unako Putzua. Existen abundantes fuentes de frescas aguas, siendo las más renombradas las de Pardelutz, Egurral, Alotza e Iturbeltz en la parte guipuzcoana, y Frantzez-erreka, Mugardi, Albi y Ata en la parte navarra. Ref. J. Gurruchaga.