Pedro I adoptó una postura de amistad hacia el Cid y de fidelidad hacia Alfonso VI, a pesar de sus colaboraciones con los musulmanes y almorávides.
El año 1096 ambos acuden buscando el apoyo de este monarca. Pedro I se encontraba ocupado en restablecer la vida de la ciudad cuando le llegó una petición urgente de socorro del Cid, que tenía cercada a Valencia. La conquista de Valencia era una empresa temeraria, que había sido asumida por un particular mal considerado por su rey y desterrado de su tierra. A pesar de lo inoportuno del momento y de las reticencias de parte de los nobles aragoneses y pamploneses, el rey no quiso faltar al compromiso.
Apenas un mes más tarde, en enero del año 1097, las fuerzas aragonesas y pamplonesas, dirigidas por el rey y por su hermano Alfonso, socorrían la posición fronteriza de Peña Cadiella, al sur de Valencia, y luchaban contra los almorávides en la batalla de Bairén. Los almorávides, dirigidos por Muhammad, sobrino del emir Yusuf, se habían situado en el castillo de Bairén, situado sobre el mar, cortando el camino de regreso a los cristianos hacia Valencia. En esta ocasión la fortaleza era defendida por muchos navíos desde el mar, y por las tropas musulmanas de Muhammad desde el alto. Éstas se encontraban acampadas al pie del monte Mondúber, que se extendía hasta el mar. En la batalla de Bairén fueron derrotados los almorávides, y el Cid, en compensación a la ayuda de los aragoneses y pamploneses, ayudó posteriormente a Pedro I a reducir el castillo de Montornés, que se había sublevado.
Un mes más tarde Pedro I acudía en auxilio de Alfonso VI a pesar de las intervenciones del rey castellano en su contra, ayudando a los reyes musulmanes de Zaragoza y Huesca. Alfonso VI había sido derrotado en Consuegra y veía amenazada Toledo. Acompañaron a Pedro I en esta expedición, el conde de Navarra Sancho Sanchéz, los señores de Huarte, Echauri, Salazar, Funes y Arguedas, Ruesta y Uncastillo y varios señores aragoneses. No fue acompañado por su hermano, el infante Ramiro de Navarra, ya que por estas fechas y concretamente entre los años 1096 y 1099, dirigió la gran Cruzada a Tierra Santa, comandando a un ejército formado por navarros, gascones y aquitanos. Finalmente la intervención armada de Pedro I no tuvo lugar porque los almorávides abandonaron sus intenciones sobre Toledo y se dirigieron hacia Levante. Pedro I regresó con sus tropas a sus reinos.