Justo María Mokoroa comenzó desde bien joven a trabajar en temas relacionados con el euskera. A inicios de siglo publicó numerosos artículos en las revistas como Zeruko Argia y Euskal Esnalea y en periódicos como La Voz de Navarra. Solía firmar sus artículos con los pseudónimos Ibar, Iparralde y Argizale. Mientras vivía y ejercía de profesor en Chile también preparó una antología de textos literarios en euskera que publicó bajo el título Gure baratzeko loreak [=Las flores de nuestro jardín].
Mokoroa también tradujo alguna que otra obra, entre las que se encuentran Errotazuriko urretxindorra de Iturralde y Suit (en 1924) y El último tambolinero de Erraondo de Arturo Campion (que tradujo como Erraondo'ko azken danbolinteroa.
La obra más famosa de Mokoroa, sin embargo, se publicó en Tolosa en 1936 con el título Genio y lengua, que el autor firmó con el pseudónimo Ibar. Tristemente, el estallido de la Guerra Civil Española aquel mismo año perjudicó enormemente e impidió que el libro tuviera la difusión deseada. Por ello, el más reseñable trabajo de Mokoroa tuvo que difundirse desde y en la clandestinidad. En Genio y lengua Mokoroa propuso dos ejes fundamentales para la creación de la nación vasca: la lengua vasca y la religión cristiana. El tolosarra hizo suyos los propósitos de los teóricos del Volkgeist alemán, y reivindicó el euskera como principio y fundamento de Euskal Herria. Según su opinión, la lengua era el elemento básico del alma y la razón de ser de los pueblos, y tal lugar debía ocupar la lengua vasca en Euskal Herria.
En Genio y lengua Mokoroa criticó algunas ideas y actuaciones de los nacionalistas anteriores a la Guerra Civil Española. Ha de tenerse en cuenta, por ejemplo, que Sabino Arana dio prioridad a la raza (y no a la lengua) para construir sus proposiciones. Por otro lado, Mokoroa criticó el exceso de folklore: el euskera debía ser algo más que un mero símbolo, y, según él creía, la lengua vasca era más importante que todas las danzas, música, vestimenta y otros elementos (casi) folklóricos de la tradición vasca. Además de existir, había que utilizar el euskera. Mokoroa también defendió que había que evitar los modelos y estilos de escritura elitistas; es decir, defendió que había que escribir de forma que los ciudadanos comunes pudieran entender lo que leían. Al fin y al cabo, las de Mokoroa eran propuestas derivadas de la ecuación "la lengua es el fundamento principal del pueblo". Según el tolosarra, la pérdida del euskera provocaría la pérdida de Euskal Herria, y por ello el objetivo de todos los vascos debía ser ayudar a la lengua vasca a perdurar, ya que ese era el único modo de salvar al pueblo vasco.
Genio y lengua fue una obra que tuvo gran influencia e importancia en las primeras generaciones de euskaltzales y políticos jóvenes vascos de posguerra, y es que Mokoroa aportó en ella un punto de vista bastante innovador. La mayoría de los que se han encargado de medir la influencia de dicha obra han mencionado que resultó ser una aportación fundamental para la nueva definición del ser vasco. Además, en numerosas ocasiones ha sido reseñada la influencia de dicho trabajo en los fundadores de ETA allá en los años 50.
A su vez, en los años 50 se publicó De vida o muerte. Operación salvamento (1956), donde Mokoroa ofrecía varias propuestas para salvar el euskera de su perdición. El principal quehacer resultó ser emplear el euskera popular. Tanto las ideas propuestas en dicho trabajo como las planteadas en el informe leído en la Conferencia de Arantzazu de 1968 fueron recogidas, algunos años después, en el libro Lengua vasca de hoy y mañana (1971). En la segunda mitad del siglo XX Mokoroa también trabajó como ayudante en la confección del Diccionario Retana de Autoridades del Euskera.
El mayor trabajo realizado por Justo María Mokoroa tiene 3.454 páginas y es una colección realmente gigantesca (es difícil hallar trabajos de dicho tamaño en otras lenguas mayores que el euskera). No se publicó hasta la década de los 90, y tiene el título: Ortik eta emendik. Repertorio de locuciones de habla popular vasca [=Por ahí y por aquí. Repertorio de locuciones de habla popular vasca]. Mokoroa creía que la verdadera riqueza del euskera se hallaba en el habla popular, y por ello pasó más de cincuenta años recogiendo, analizando y clasificando frases, dichos y locuciones. Por lo que respecta a la estructuración de la obra, el tolosarra tuvo enormes dudas, ya que no resultaba tarea fácil organizar tanto y tan extenso material; además, resultaba imposible organizarlo a modo de diccionario, es decir, por orden alfabético. Finalmente, tuvo como ayudantes y modelos los trabajos realizados por A. Pinloche y F. Burnot, y organizó todo el material recogido por índices temáticos. Mokoroa también contó con la ayuda de algunos españoles expertos en fraseología como Casares o Sabina de la Cruz.
El título Ortik eta emendik explica perfectamente de dónde recogió Mokoroa las cerca de 100.000 frases que conforman su gigantesca obra. Además de los materiales recogidos en largas conversaciones (en la colección aparecen los testimonios de 1.266 informantes), el tolosarra buscó materiales sistemáticamente en todo tipo de libros (más de 400), folletos, revistas, diarios, anuncios y otros textos. Junto a ellos, los materiales provenientes de la literatura oral vasca ocupan un importante lugar en la obra Ortik eta emendik.
La colección de Mokoroa tiene una relevancia incalculable y no sólo desde el punto de vista lingüístico, sino también desde el sociológico, cultural, etnográfico, histórico y otros. Y es que analizando las miles de frases recopiladas por el tolosarra, se pueden obtener grandes cantidades de información acerca de la sociedad vasca de un período concreto.