Guetaria en los siglos XVI-XVII. Cuenta Gorosábel, asimismo, que la villa fué incendiada en la noche del 5 de enero de 1597, quedando a su consecuencia destruida cuasi toda ella. Así resulta de algunas escrituras de ventas de solares de casas quemadas; y se confirma el hecho por otros papeles que hay en el archivo de esta provincia, por los que se calcula que 150 de sus 250 casas desaparecieron. En un doc. de 1542 del Arch. de Simancas reproducido en la Rev. "E. Erria" hallamos la descripción de la villa antes del incendio mencionado:
"Ilmo. Señor: Después de la Relaçion de la entrada de la artilleria gruesa en esta parte de guipuzcoa que ya tengo sobre ello escripto, Por capítulos á V. S. Resta agora dezir la calidad y cantidad y fuerte de la villa de guetaria e su ysla de santantonio y su asiento e digo que guetaria es pueblo assentado en el fin de vn pendiente de una sierra que tiene media legua buena de baxada, la qual dicha sierra desde su altura fasta la mar toda se muestra en ladera, y en el fin desta ladera, esta guetaria assentada en el fin de vn peñysco pendiente que bate la grand mar en el, y esta este assiento tan fuerte que ni azia lebante ni azia poniente no se puede tomar puerto sino fuesse con grand perdida, y aventura quatro leguas á la vna parte y quatro á la otra, es guetaria pueblo que tiene poquita jurisdicion, tiene la villa CCC vezinos, passando de la villa al muelle, ó Cay, que ansí se llama aquí ay CCC, pasos, y pasamos al muelle por mar, ó por una calçada que esta començada a hazer empero tienela tomada la mar. La mayor parte del día y de la noche, por que como la ysla de santantonio esta toda metida en el Mar grande, quando crecen las aguas por la parte de lebante e por la de poniente cierrase la mar, e asy en aquel tiempo no se puede pasar al muelle ni a la ysla syno es en chalupas, o bateles, y sepa V. S. que dentro en el muelle como quien tubiesse en vna arca cerrada las naos asy están seguras en el dicho puerto, e bien se paresce que su magestad ni otro principe bellicoso aya visto la dispussicion asyento ymportancia fuerte desta villa y muelle con su ysla. Porque puede V. S. muy bien creer que quien fuere señor de guetaria e su ysla e puerto sera señor de toda la costa fasta la Coruña, y por esta parte de lebante fasta el canal de burdeos y puerto de la Rochela que esta a LX leguas de guetaria, a la Coruña ay C. leguas, pueden estar dentro del muelle hasta LXX naos grandes y pequeñas, y en el puerto fuera en parte segura pueden estar de CCC. naos arriba, porque es todo seguro muy limpio, y seguro, heme estendido porque V. S. me lo mando y porque V. S. lo entienda fue todo menester. Resta agora que sepa V. S. el assiento y fuerte de la ysla, y es que tiene en bojo, o cerco, o CCC ° pasos, poco mas, o menos, segund lo que hemos podido colegir en la medida que hemos atrauesado, toda la ysla por dentro della por que medirla por la Rayz y assiento della sepa V. S. que ay tan grandes Rocas y peñyscos tan peligrosos que por ninguna manera se puede llegar a ella syno fuesse por vna poquita parte, y esto abría de ser estando la mar tan quieta y syn ningund pensamiento de viento nin, ola, ni onda, oviesse en la mar, y aunque esto sea en vn año, no se podra llegar quatro veces, y quando se aya de llegar ha de ser en vn batel pequeño tan grande como media capa, e sy alguno alli fuese puesto es tan alta e dificultosa la subida que vn solo ombre devenderia á la grand muchedumbre del ejerçito quel grand xerses paso en heuropa, el muelle que tengo dicho á V. S., esta al pie desta ysla y el muelle en su sobaco metido, Sanct gregorio el viejo e sanct pedro no ay necessidad de los derribar para que se piense que harian perjuicio al Cubo que se ha de hazer para guarda deste puerto e ysla, Seria bien derribar a sanct pedro para hazer vna cassa para la contratacion del muelle que no tiene cassa ninguna, puestos en el muelle començamos la subbida por la ysla por vna ladera y es tan pequeño el camino y tan dificultoso que con aver seydo hecho a mano tiene vn ombre solo harto que subir á lo alto especialmente los ombres como yo, que creo son enemigos de verse en parte tan estrecha que certifico a V. S. que quando acabe de subir á la cassilla de la guardia, yo estaba como si salliera de un Rio, tiene esta ysla, DL pasos de largo desdel muelle fasta la hermita de santantonio, tiene en el camino cerca de santantonio una fuente que dubdo yo si el delgadez y sabor de su agua la aya mejor en toda nuestra España y creo esto lo haze que la boca de la fuente esta a la parte setentrional, y el ayre de esta es muy loado en esta parte, y por tal Don beltran de la cueba que fue capitan general en esta frontera la hazia llevar a san sebastian y a otras partes, Del altura desta ysla derribando fasta la mar que es derecho al lebante, tiene esta ysla CCC. pasos, por que mirando desdel altura desta ysla hazia el poniente es vn pendiente derecho, como vna bira fasta la mar, por el qual dubdo yo aver en el mundo gato tan subtil que pudiesse subir de la mar a la altura desta ysla, ansi que mirada y pateada esta ysla por todas sus partes ansi por la mar grande al derredor della en bojo como atrabesada, y mirada quanto combiene, Digo á V. S. que no tiene Mas de la subida que comiença desdel muelle hazia arriba, y es tan poquita y dificultosa la subida quo vn solo hombre la puede guardar a vn exercito, y en toda esta ysla no hay asiento para poderse hacer fuerte ninguno al propossito del puerto y muelle, sino es en la parte donde agora tienen echa vna casilla para la guarda del puerto, e digo que natura puso en aquella parte de la ysla vna berruga, o señal sobre la cual sea de hazer vn cubo que tenga LXXX pies de hueco e XX, o XXV de grueso en las paredes, el qual cubo es tan nescessario que me espanto como dicho tengo no lo aver hecho los principes passados, pues todas estas costas Rescibieran en ello tan grand seguridad, y echo el cubo sera tan señor del puerto y villa como lo es el peyñon de belez de su puerto, e digo mas que este cubo y fuerte que sea de hazer se hara á menoscosta que en otra parte por que piedra y agua y arena todo esta arriba, solamente la cal sea de quemar a CL. pasos junto al muelle mas baxo del asiento donde se ha de hazer el cubo, y echo el Cubo digo que guardaran esta ysla y puerto a todo el mundo desde XX fasta L ombres, y esto se entiende en tiempo de guerra que en tiempo de paz II ó III ombres bastan, tambien señor vi lo del puerto de motrico por que me he detenido en este lugar seys dias por ver muy bien la disposicion de todo lo de aqui, pues V. S. quiere y manda que todas las cosas se hagan de cal y canto y no a piedra lodo, y es que de aqui a motrico ay III leguas buenas por inca, ó por tierra, es motrico lugar de CCCC.° fuegos, piden polbora por que en lo demas no han miedo a franceses, ni a otra nascion porque su puerto es avierto y peligroso y no puede en el Reparar armada ninguna y toda la parte de la tierra es fuerte = va hemendado do diz xerses = vala. = Asi vien va escripto entre renglones do diz a la gran muchedumbre e do diz del puerto, yalan, y testado do dezia y su puerto, no vala. = El oreginal del sobre dicho pasrescer y carta hizo escriuir para su yll. S.MA del secretario asistente de Castilla johan brabo alcayde de briones a mi Domingo Ochoa del puerto escriuano de sus magestades e del numero de la villa de guetaria en la dicha villa a diez e siete dias del mes de Octubre del señor de mill e quinientos e quarenta e dos años, siendo presentes á ello johan Martinez de lasao e sebastian de vgarte, vecinos de la villa de Ayzpetia e johan peres de gorostiaga vezino de la villa de guetaria y porque el dicho alcayde partio de esta dicha villa, y llebo consigo otro tanto treslado del sobre dicho paresçer y por ynabertencia no se le hizo firmar el dicho paresçer que el Consejo de la dicha villa Acordo de ynbiar con su nunçio a su yll. S.MA, yo el dicho escriuano hize tresladar por otra mano el sobre dicho paresçer palabra por palabra de la original que el dicho alcayde ordenó, y va verdadero, e doy fee y testimonio verdadero dello, y en fee dello firme aquí mi nombre, yo el dicho escriuano. Domingo ochoa del puerto."
Tras el incendio no sólo desaparecen casas sino que hay que afrontar el problema del estado ruinoso de las murallas y fortificaciones. La Corona aportó, en 1600, 3.000 ducados y en 1637 el capitán general de Guipúzcoa encomienda al ingeniero Gandolfo la refacción y modernización de los muros. En el Compendio de Lope Mz. de Isasti de 1625 se cita a la villa como antigua y de renombre, con alrededor de 300 vecinos. Su barrio Azkizu aparece como "una población pequeña de treinta vecinos llamada azquizu, de la advocación de San Martín, donde se coge vino de la tierra, el mejor de la comarca". Cita también la isla de San Antón, con su ermita y atalaya que alcanza 20 leguas de vista "y se trata de hacer en ella una fortaleza para la defensa de la tierra y de la bahía y concha, a donde entran navíos a tomar puerto, cuando no pueden en otra parte. Tiene muelle con paredón largo hasta la isla y cuatro lombardas del Rey a cargo del regimiento para el tiempo de menester, con las cuales y los arcabuces de los naturales se defiende por ahora".
"Ilmo. Señor: Después de la Relaçion de la entrada de la artilleria gruesa en esta parte de guipuzcoa que ya tengo sobre ello escripto, Por capítulos á V. S. Resta agora dezir la calidad y cantidad y fuerte de la villa de guetaria e su ysla de santantonio y su asiento e digo que guetaria es pueblo assentado en el fin de vn pendiente de una sierra que tiene media legua buena de baxada, la qual dicha sierra desde su altura fasta la mar toda se muestra en ladera, y en el fin desta ladera, esta guetaria assentada en el fin de vn peñysco pendiente que bate la grand mar en el, y esta este assiento tan fuerte que ni azia lebante ni azia poniente no se puede tomar puerto sino fuesse con grand perdida, y aventura quatro leguas á la vna parte y quatro á la otra, es guetaria pueblo que tiene poquita jurisdicion, tiene la villa CCC vezinos, passando de la villa al muelle, ó Cay, que ansí se llama aquí ay CCC, pasos, y pasamos al muelle por mar, ó por una calçada que esta començada a hazer empero tienela tomada la mar. La mayor parte del día y de la noche, por que como la ysla de santantonio esta toda metida en el Mar grande, quando crecen las aguas por la parte de lebante e por la de poniente cierrase la mar, e asy en aquel tiempo no se puede pasar al muelle ni a la ysla syno es en chalupas, o bateles, y sepa V. S. que dentro en el muelle como quien tubiesse en vna arca cerrada las naos asy están seguras en el dicho puerto, e bien se paresce que su magestad ni otro principe bellicoso aya visto la dispussicion asyento ymportancia fuerte desta villa y muelle con su ysla. Porque puede V. S. muy bien creer que quien fuere señor de guetaria e su ysla e puerto sera señor de toda la costa fasta la Coruña, y por esta parte de lebante fasta el canal de burdeos y puerto de la Rochela que esta a LX leguas de guetaria, a la Coruña ay C. leguas, pueden estar dentro del muelle hasta LXX naos grandes y pequeñas, y en el puerto fuera en parte segura pueden estar de CCC. naos arriba, porque es todo seguro muy limpio, y seguro, heme estendido porque V. S. me lo mando y porque V. S. lo entienda fue todo menester. Resta agora que sepa V. S. el assiento y fuerte de la ysla, y es que tiene en bojo, o cerco, o CCC ° pasos, poco mas, o menos, segund lo que hemos podido colegir en la medida que hemos atrauesado, toda la ysla por dentro della por que medirla por la Rayz y assiento della sepa V. S. que ay tan grandes Rocas y peñyscos tan peligrosos que por ninguna manera se puede llegar a ella syno fuesse por vna poquita parte, y esto abría de ser estando la mar tan quieta y syn ningund pensamiento de viento nin, ola, ni onda, oviesse en la mar, y aunque esto sea en vn año, no se podra llegar quatro veces, y quando se aya de llegar ha de ser en vn batel pequeño tan grande como media capa, e sy alguno alli fuese puesto es tan alta e dificultosa la subida que vn solo ombre devenderia á la grand muchedumbre del ejerçito quel grand xerses paso en heuropa, el muelle que tengo dicho á V. S., esta al pie desta ysla y el muelle en su sobaco metido, Sanct gregorio el viejo e sanct pedro no ay necessidad de los derribar para que se piense que harian perjuicio al Cubo que se ha de hazer para guarda deste puerto e ysla, Seria bien derribar a sanct pedro para hazer vna cassa para la contratacion del muelle que no tiene cassa ninguna, puestos en el muelle començamos la subbida por la ysla por vna ladera y es tan pequeño el camino y tan dificultoso que con aver seydo hecho a mano tiene vn ombre solo harto que subir á lo alto especialmente los ombres como yo, que creo son enemigos de verse en parte tan estrecha que certifico a V. S. que quando acabe de subir á la cassilla de la guardia, yo estaba como si salliera de un Rio, tiene esta ysla, DL pasos de largo desdel muelle fasta la hermita de santantonio, tiene en el camino cerca de santantonio una fuente que dubdo yo si el delgadez y sabor de su agua la aya mejor en toda nuestra España y creo esto lo haze que la boca de la fuente esta a la parte setentrional, y el ayre de esta es muy loado en esta parte, y por tal Don beltran de la cueba que fue capitan general en esta frontera la hazia llevar a san sebastian y a otras partes, Del altura desta ysla derribando fasta la mar que es derecho al lebante, tiene esta ysla CCC. pasos, por que mirando desdel altura desta ysla hazia el poniente es vn pendiente derecho, como vna bira fasta la mar, por el qual dubdo yo aver en el mundo gato tan subtil que pudiesse subir de la mar a la altura desta ysla, ansi que mirada y pateada esta ysla por todas sus partes ansi por la mar grande al derredor della en bojo como atrabesada, y mirada quanto combiene, Digo á V. S. que no tiene Mas de la subida que comiença desdel muelle hazia arriba, y es tan poquita y dificultosa la subida quo vn solo hombre la puede guardar a vn exercito, y en toda esta ysla no hay asiento para poderse hacer fuerte ninguno al propossito del puerto y muelle, sino es en la parte donde agora tienen echa vna casilla para la guarda del puerto, e digo que natura puso en aquella parte de la ysla vna berruga, o señal sobre la cual sea de hazer vn cubo que tenga LXXX pies de hueco e XX, o XXV de grueso en las paredes, el qual cubo es tan nescessario que me espanto como dicho tengo no lo aver hecho los principes passados, pues todas estas costas Rescibieran en ello tan grand seguridad, y echo el cubo sera tan señor del puerto y villa como lo es el peyñon de belez de su puerto, e digo mas que este cubo y fuerte que sea de hazer se hara á menoscosta que en otra parte por que piedra y agua y arena todo esta arriba, solamente la cal sea de quemar a CL. pasos junto al muelle mas baxo del asiento donde se ha de hazer el cubo, y echo el Cubo digo que guardaran esta ysla y puerto a todo el mundo desde XX fasta L ombres, y esto se entiende en tiempo de guerra que en tiempo de paz II ó III ombres bastan, tambien señor vi lo del puerto de motrico por que me he detenido en este lugar seys dias por ver muy bien la disposicion de todo lo de aqui, pues V. S. quiere y manda que todas las cosas se hagan de cal y canto y no a piedra lodo, y es que de aqui a motrico ay III leguas buenas por inca, ó por tierra, es motrico lugar de CCCC.° fuegos, piden polbora por que en lo demas no han miedo a franceses, ni a otra nascion porque su puerto es avierto y peligroso y no puede en el Reparar armada ninguna y toda la parte de la tierra es fuerte = va hemendado do diz xerses = vala. = Asi vien va escripto entre renglones do diz a la gran muchedumbre e do diz del puerto, yalan, y testado do dezia y su puerto, no vala. = El oreginal del sobre dicho pasrescer y carta hizo escriuir para su yll. S.MA del secretario asistente de Castilla johan brabo alcayde de briones a mi Domingo Ochoa del puerto escriuano de sus magestades e del numero de la villa de guetaria en la dicha villa a diez e siete dias del mes de Octubre del señor de mill e quinientos e quarenta e dos años, siendo presentes á ello johan Martinez de lasao e sebastian de vgarte, vecinos de la villa de Ayzpetia e johan peres de gorostiaga vezino de la villa de guetaria y porque el dicho alcayde partio de esta dicha villa, y llebo consigo otro tanto treslado del sobre dicho paresçer y por ynabertencia no se le hizo firmar el dicho paresçer que el Consejo de la dicha villa Acordo de ynbiar con su nunçio a su yll. S.MA, yo el dicho escriuano hize tresladar por otra mano el sobre dicho paresçer palabra por palabra de la original que el dicho alcayde ordenó, y va verdadero, e doy fee y testimonio verdadero dello, y en fee dello firme aquí mi nombre, yo el dicho escriuano. Domingo ochoa del puerto."
Tras el incendio no sólo desaparecen casas sino que hay que afrontar el problema del estado ruinoso de las murallas y fortificaciones. La Corona aportó, en 1600, 3.000 ducados y en 1637 el capitán general de Guipúzcoa encomienda al ingeniero Gandolfo la refacción y modernización de los muros. En el Compendio de Lope Mz. de Isasti de 1625 se cita a la villa como antigua y de renombre, con alrededor de 300 vecinos. Su barrio Azkizu aparece como "una población pequeña de treinta vecinos llamada azquizu, de la advocación de San Martín, donde se coge vino de la tierra, el mejor de la comarca". Cita también la isla de San Antón, con su ermita y atalaya que alcanza 20 leguas de vista "y se trata de hacer en ella una fortaleza para la defensa de la tierra y de la bahía y concha, a donde entran navíos a tomar puerto, cuando no pueden en otra parte. Tiene muelle con paredón largo hasta la isla y cuatro lombardas del Rey a cargo del regimiento para el tiempo de menester, con las cuales y los arcabuces de los naturales se defiende por ahora".