Aun cuando no aparecen regulados en el título preliminar del Estatuto, los Conciertos Económicos constituyen un aspecto fundamental del EAPV, además de una institución peculiar sin parangón en ninguna otra comunidad autónoma, salvo Navarra. Constituyen la expresión más evidente de ese reconocimiento y aplicación de los derechos históricos a los que se ha hecho alusión anteriormente.
Los Conciertos Económicos suponen un sistema peculiar de regulación de las relaciones tributarias entre el Estado y el País Vasco. Su fundamento estatutario se halla en el artículo 40 del EAPV, el cual establece que, para el adecuado ejercicio y financiación de sus competencias, el País Vasco dispondrá de su propia Hacienda Autónoma. El sistema de Concierto implica que las Diputaciones de los Territorios Históricos llevan a cabo la exacción, gestión, liquidación e inspección de todos los impuestos, menos los integrados en la renta de Aduanas, y los que se recaudan por monopolios fiscales.
La distribución de los ingresos obtenidos se establece del siguiente modo. En primer lugar, las Diputaciones Forales aportan a los ingresos de la Hacienda general vasca las cantidades que determine una Ley del Parlamento Vasco. Por otra parte, se establece un cupo global que supone, a su vez, la aportación del País Vasco al Estado "como contribución a todas las cargas del Estado que no asuma la Comunidad Autónoma Vasca".