El hecho de que Navarra se sumase desde el principio al llamado "Alzamiento Nacional", le permitió mantener sus peculiaridades administrativas autónomas. Sin embargo, la Caja tuvo que aceptar y atenerse, como el resto, a la legislación sobre Cajas de Ahorro que promulgó el Gobierno del Estado.
Como había sucedido en sus primeros años, proporcionó préstamos a bajo interés a los Ayuntamientos para realizar obras públicas, construcción de escuelas y mejoras de la agricultura, siempre dentro de los márgenes permitidos por la ley. Durante la guerra y el periodo de la autarquía económica de la dictadura franquista, siguió creciendo. En 1958, sus depósitos superaron los mil millones de pesetas. El desarrollo de los sesenta le permitió consolidarse como entidad financiera. En 1970 la acción de la Caja abarcaba la geografía navarra con 76 sucursales, 11 de ellas en la capital. Pese a la crisis energética, esta Caja siguió su ritmo ascendente y, en 1980, cuando iba a celebrar sus sesenta años de vida, había aumentado su volumen de negocio y tenía 115 sucursales atendidas por 759 empleados.
| Año | Saldos * |
| 1942 1945 1946 1950 1954 1958 1962 1966 1970 1988 | 128.600 212.829 250.100 379.800 567.700 1.031.700 1.865.900 3.678.300 7.965.200 199.159.000 |
* miles de pesetas
En la década de los ochenta del siglo XX, la Caja de Navarra llegó a ser la primera institución económica por el importe de sus depósitos. Dedicando un amplio porcentaje de sus fondos a créditos y préstamos al sector público y al privado. Tenía una sólida red de oficinas por toda Navarra y había comenzado su expansión exterior. En 1982 abrió una oficina en Madrid, en 1984 en Barcelona y otras en Zaragoza, Miranda de Ebro, Alfaro, Calahorra, Ejea de los Caballeros. Fueron también años en los que se consolidó la mecanización, el procesado de datos, los cajeros automáticos (127 en 1990) y las tarjetas Clave.
| Actividad financiera * | 1990 | 1999 |
| Recursos de clientes Total inversión crediticia Cartera de valores Resultado neto Destinado a obra social | 259.322 134.870 66.578 3.363 400 | 716.799 433.088 145.516 10.529 3.913 |
| Medios humanos y técnicos | ||
| Empleados Oficinas | 800 145 | 962 164 |
*millones de pesetas
Fuente:Memoria 1990 y 1999.
La tabla anterior ilustra la evolución de la Caja de Navarra en sus últimos nueve años de vida, antes de la fusión con la Caja de Ahorros y Monte de Piedad de Pamplona. En 1999 se mantenían algunos servicios que se ofrecían ya a los clientes en 1990, a los que se habían ido agregando otros durante esa década: Fondos de Inversión y de Previsión, Seguros de Vida y Ahorro, Seguros Generales, Administración de Valores, Servicio de relaciones con el extranjero, nuevos canales y modos de pago (tarjetas, terminales en los comercios, Monedero Euro 6000), asesoramiento para las declaraciones del Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas (I.R.P.F.), etc...