Napoleón Bonaparte, además de consolidar parte del ideario político nacido con la revolución, quiso llevar a cabo un plan de reordenación en el que también entraban los territorios vascos. Las provincias vascas peninsulares ya entraron en los planes de reordenación de Francia en las fechas de la Guerra de la Convención, si bien, esta pretendida estructuración político-administrativa de las provincias vascas, y de los territorios de España en general, se iría delimitando en los años siguientes.
En las negociaciones que Godoy mantuvo con Napoleón, previas a la invasión francesa, el emperador ya manifestó su interés por anexionarse el Puerto de Pasajes. Personas cercanas a Napoleón le habían hablado de su valor estratégico y su potencial logístico. La negativa por parte del valido fue rotunda pero en años posteriores los ingenieros del emperador llegaron a diseñar un plan de intervenciones en este puerto y a asignar para este proyecto una cantidad de francos anuales. Igualmente planteó hacia el año 1807 la segregación de Cataluña, Aragón, Navarra y las provincias vascas del reino de España e incorporar estos territorios a su imperio. Esta demarcación de nueva creación sería denominada "País Transpirenaico".
Los proyectos de ordenación no se quedaron ahí. A principios del año 1808, el abogado y político francés Joseph Dominique Garat, que fue dos veces ministro de justicia durante la revolución, propuso a Napoleón la creación de una entidad formada por tres provincias vasco-españolas, dos vascofrancesas y el reino de Navarra. Esta entidad llevaría el nombre de "Nueva Fenicia".
Por otra parte, en la Constitución de Bayona no se hizo mención al proyecto de unificación de las provincias vascas pero sí se hizo referencia al estatus particular de los fueros vascos. Se decidió tratar sobre ellos en la convocatoria de las primeras Cortes Generales, pero a causa de la situación bélica estas cortes no llegaron a celebrarse.
Tras la derrota del ejército francés en Bailén, en julio del año 1808, en el País Vasco se producen los primeros intentos de sublevación contra los franceses pero esta sublevación es contenida y las provincias vascas fueron ocupadas de forma permanente.
Por decreto del 8 de febrero de 1810 el "País Transpirenaico" es organizado en cuatro gobiernos: el gobierno de Cataluña, el de Aragón, el de Navarra y el gobierno de Vizcaya, comprendiendo este último las provincias vascas. Napoleón no había desistido de su idea de incorporar estos territorios a su imperio y, en compensación por esta pérdida que causaba a su hermano José, le ofrecía Portugal. El emperador continuó con su propósito de anexión y con este fin se realizó un estudio en el que se destacaban las peculiaridades político-administrativas de las provincias vascas.
El año 1811 Garat entregaba al duque de Bassano, ministro de relaciones exteriores del emperador, su proyecto de formación de la Nueva Fenicia. No obstante, en estos momentos Napoleón se encontraba inmerso en la campaña militar de Rusia y el año 1812 la guerra en España se va complicando. Las tropas españolas y el ejército anglo-portugués fueron ganando posiciones contra el ejército de José I y lograron la expulsión definitiva de este monarca y de los franceses en 1813.