Dentro de los conflictos bélicos que el ejército de Napoleón mantenía en Europa, el emperadordirigió su estrategia político-militar a aislar a su mayor enemigo, Inglaterra. Para ello necesitaba cortar la comunicación de este país con Portugal, uno de sus principales aliados. Napoleón, que anteriormente ya había entablado acuerdos con Godoy, consiguió el permiso del valido para que las tropas francesas atravesasen España con el fin de invadir Portugal. A cambio de esta concesión Napoleón le prometió un reino en el Algarve (Tratado de Fontainebleau, 1807).
Las tropas francesas comenzaron a introducirse en la península a principios de 1808 pero, en marzo de este mismo año, los planes del emperador se vieron comprometidos por la caída política del valido en el motín de Aranjuez, motín que fue protagonizado por el mismo príncipe heredero al trono, Fernando. A partir de estos acontecimientos el emperador tuvo que reorientar sus planes y proyectó el cambio dinástico en España.
Napoleón llegó a Bayona el 14 de abril de 1808 y a los pocos días se instaló en el castillo de Marracq.
Durante los días siguientes de ese mes de abril llegaron a la ciudad los reyes Carlos IV y su esposa María Luisa, y Fernando VII, que había destronado a su padre. Napoleón les había convocado en Bayona supuestamente con el objeto de mediar en el conflicto existente entre ellos, no obstante, su verdadera intención era que ambos abdicasen del trono. Mientras, en España se produjeron una serie de levantamientos populares; el pueblo se percató de las intenciones del ejército francés de ocupar el país y el 2 de mayo se levantó en Madrid contra las tropas invasoras. La noticia de estos acontecimientos llegó al emperador unos días más tarde.
A principios del mes de mayo Napoleón consiguió que Fernando renunciase a la Corona en favor de su padre, sin saber éste que su padre ya había cedido sus derechos al propio emperador. Entre los días 10 y 12 de este mes, Fernando VII y los infantes salieron de Bayona para Valencay, y Carlos IV y María Luisa se dirigieron hacia Fontainebleau.
Napoleón pretendía proclamar rey de España a su hermano José, rey de Nápoles, y para refrendar esta decisión convocó una asamblea de notables para el día 15 de junio en Bayona. La convocatoria a esta asamblea, que posteriormente fue denominada como Junta de Bayona, fue publicada en la Gaceta de Madrid de 24 de mayo de 1808. Fueron convocadas alrededor de 150 personas, pero muchas de ellas no apoyaron al gobierno afrancesado y no acudieron al llamamiento. En la asamblea aprobaron una constitución ya redactada y diseñada por Napoleón y Maret, que incluía algunas observaciones al texto realizadas por los presentes. Esta constitución, conocida como la Constitución de Bayona, establecía un nuevo sistema político en España que reconocía una serie de libertades como eran la libertad de imprenta, la libertad personal, la igualdad, etc. El reconocimiento de estas libertades suponía a su vez la supresión de privilegios, fueros y desigualdades contributivas.
El proceso asambleario finalizó el 7 de julio, día en el que José Bonaparte juró la constitución, y el 9 de julio el nuevo monarca salió de Bayona para dirigirse a España. Días después Napoleón dejó la ciudad y marchó hacia Pau.